Помимо долгих дискуссий с представителями буддийских школ, возникла необходимость в создании адекватных средств для полемики. В это время в Европе весьма популярны были катехизисы Канизиуса и Белларминэ. Поэтому вполне естественна стала необходимость адаптировать подобный сборник вопросов и ответов применительно к японской специфике. Этот трактат должен был в четкой и ясной манере исправлять основные ошибки и заблуждения неверующих. За работу взялся глава миссии Валигнано, которому помогали способные японцы, знакомые с разными школами буддийской мысли. Однако поставленная задача оказалась неимоверно сложной. Валигнано сетует на многочисленность школ и сект, которые «трактуют вопросы столь туманно, что трудно понять то, что они хотят сказать».
Несмотря на то что в катехизисе не упоминаются названия школ и, в частности, дзэн, позиция по отношению к дзэнскому учению изложена вполне ясно. Философские аргументы сдержанны и конкретны, но во всем, что касается буддийского разграничения между внешними проявлениями и реальностью, между эзотерическим и экзотерическим, Валигнано придерживается непримиримой позиции. Постулат о двух истинах — одной для невежественных людей, а второй для мудрых и просветленных — он считает «ложным, обманчивым и вводящим людей в заблуждение». Он не готов согласиться с утверждением, что простой народ не способен постичь истину и поэтому его следует «успокаивать как плачущего ребенка с помощью ничтожных и бесполезных, но блестящих игрушек. Ибо долг честного и мудрого человека состоит в том, чтобы наставлять невежественных и неопытных, вести за собой сбившихся с пути, но не пускаться на уловки для обмана людей и потакания их невежеству».
Нравственное воспитание простого народа также не требует подобных средств. Было бы странным верить в то, что притворство и ложь способны скорее склонить человека к добру, чем правда. Валигнано считал упоминаемую здесь буддийскую концепцию «искусственных средств» (санскр. — упайя; яп. — хёбэн) не только противоречащей истине, но и безнравственной.
Катехизис Валигнано стал основой для многих других трудов, к помощи которых прибегали миссионеры. Существовало множество трактатов, в которых опровергалась истинность буддийского учения. Одна из таких работ, посвященная японским религиозным течениям, принадлежит перу отца Луиса Фроиса. Несмотря на то что до наших дней сохранилось лишь оглавление этой книги, можно утверждать, что она служила инструкцией для миссионеров. Две главы этой книги отведены школе дзэн. В отчете за 1604 год упоминается учебный план для иезуитской школы в Нагасаки, рассчитанный на подготовку японских членов ордена для участия в диспутах с буддистами. Вооруженный этим руководством, иезуит-японец посещал буддийские храмы, слушал лекции известных бонз и делал выписки из буддийских писаний.