Название двух первых глав меморандума Валигнано объясняет его видение этой задачи: «Как добиться и заслужить уважение японцев» и «Как внушить уверенность христианам». Обретение уверенности и завоевание уважения предполагали адаптацию к японскому мышлению и особенно интеграцию в японское общество, в котором все формы общественной жизни регулировались в зависимости от принадлежности к конкретному классу. Между религиозной и светской жизнью существовало строгое разграничение. Миссионерам предлагалось привыкнуть к такому положению дел. В качестве модели новых отношений Валигнано выбрал школу дзэн, так как она «в то время была наиболее весомым религиозным сообществом Японии, имевшим связи со всеми слоями японского общества».
Сложность «отработки» этой церемониальной модели состояла в определении иерархического устройства самого миссионерского братства и соответствующих местным обычаям норм поведения. Валигнано решил эту проблему, наделив членов общины рангами, соответствующими принятым в дзэнском сообществе. Для японцев глава миссии приравнивался к настоятелю (дзичо) монастыря Нандзэндзи, а главы отделений в Симо, Бунго и Мияки соответствовали рангу настоятеля одной из «Пяти гор» в Киото. Католические священники становились храмовыми главами (сёрё или тёдо). Японские братья (ирмаос), на которых возлагалась значительная часть миссионерской деятельности, получали ранг смотрителя дзадзэн (сюзо), неофиты и ученики приравнивались к казначеям (зосу) и бритоголовым новичкам (дзиса) дзэнских школ.
Благодаря столь находчивому решению христианские миссионеры достигли высокого положения в японском обществе. Однако не обошлось и без противостояния и критики нового порядка вещей. Главным противником этих новшеств был отец Кабраль, которого Валигнано сместил с должности главы японской миссии. Кабраль обратил внимание на то, что настоятелями Нандзэндзи и других основных храмов в Киото назначались сыновья и братья японских принцев или другие представители высшего сословия, и их назначение утверждалось самим императором. Насколько удачной оказалась на практике иерархическая система Валигнано, мы не можем судить, но не исключено, что она нуждалась в некоторых исключениях и усовершенствованиях.
Существовали и другие инструкции, которые подтверждали искреннее стремление Валигнано к адаптации христиан к японским обычаям. В каждом отделении миссии, рядом с входом в дом, существовала чайная комната, где напиток подавался согласно японскому обычаю. Гостей встречали сообразно их общественному статусу, что вызывало симпатию и уважение к христианской миссии. Действительно, иезуитов не раз упрекали в том, что они ищут путь к сердцам представителей высшего сословия и мало уделяют внимания простым людям. В результате этих усилий в христианство были обращены многочисленные господа (даймьё), представители высшей аристократии, самураи и бонзы. Это было время, когда христиане занимали видное положение в обществе. Столичные модники носили португальскую одежду, а любые европейские вещи вызывали неизменное восхищение. Взаимопроникновение культур двух народов продолжалось до тех пор, пока не началась череда гонений на христиан. Тем не менее взаимовлияние лучших японских традиций и христианства, происходившее за счет контактов с представителями знатных семейств, оставило существенный след в истории общечеловеческой культуры.