Роман в романе и становится главным героем, позволим себе это предположить, всего произведения. Именно роман, ведущий Мастера по его нелегкому жизненному пути, исчезающий и появляющийся вновь, исчезающий снова в огне и превращающийся в реальность, провоцирующий появление Воланда и его свиты в Москве, определяющий судьбу Ивана Бездомного, живущий своей жизнью, в которую вплетаются судьбы героев и требующий завершения, - в центре неослабевающего интереса читателя. Все силовые сюжетные линии сходятся к этому роману. Все герои оказываются заинтересованными в его судьбе – это, прежде всего, сам Пилат, Иешуа и его «ведомство», Воланд и его «ведомство», Мастер, Маргарита, Иван Бездомный. К нему, как к живому существу, ревнует Мастер свою подругу. Им интересуются и соответствующие советские ведомства.
Поэтому и геройная структура романа оказывается многофокусной. В ней просматриваются параллельные соответствия и оппозиции. Это связано с зеркальным эффектом, возникающим благодаря постоянному чередованию древних и современных глав романа и отношений героев в них. Расстановка этих фигур на доске уже определяет исход партии, говоря спортивным языком. Мастер, увлеченный своим романом, абсолютно обречен. Причем не только контекст эпохи определяет это, но и человеческая природа. Иуда меняет имя и костюм, но он вечен, как вечен образ правдоискателя.
В каждой из частей романа обозначается свой главный герой. На эту «матрешечную» природу композиции произведения указывали исследователи. Роман не случайно назван автором Роман о Понтии Пилате. Конечно же, именно Пилат, исторический персонаж, образ которого переосмыслен М. Булгаковым, находится в центре читательского внимания исторических глав романа, «история одной души» интересует его в связи с самой драматической историей человечества. Именно за его внутренними переживаниями и внутренними изменениями следит автор. В его посмертной судьбе принимают участие Воланд, Мастер и Маргарита. Его история завершается вместе с романом, ибо она отражает концептуально важные положения романа. Художественный конфликт, движущий повествование, - это конфликт во внутреннем мире Пилата. Однако за видимой сюжетной канвой, за известными всем событиями встает другой, мистический план повествования. И героем второго плана повествования является тот, кто имеет власть прощать Пилата, и к кому заглавный герой так стремится. Получается, что главных героя два. Мистический план исторического повествования тесно связан с явным, материалистическим. Подробнее об этом при анализе древних глав.