Обычное умерщвление плоти, или покайное наказание, совершалось монахами по понедельникам, средам и пятницам, а монашенками — во все праздничные дни. Бичевание продолжалось столько же времени, сколько молитва «Miserere», которую распевали после богослужения. Производилось при этом оно так энергично, что кровь с обнаженных спин струилась ручьями. Насчет особенных экзекуций необходимо было испрашивать особое разрешение настоятеля. Этого рода бичевания производились ночью, иногда два раза в день, иногда же три-четыре раза за великопостный период. В определенные дни настоятель собственноручно порол всех живущих в монастыре, встречая со стороны последних полное смирение и благодарность. Одна из келий была запружена розгами, причем каждый послушник и каждая послушница должны были лично выбрать для себя «инструмент», наиболее отвечавший их вкусам. Самое тяжелое покайное наказание носило название «Ecce homo». При выполнении этой экзекуции кающийся должен был раздеться до пояса, покрыть свое лицо пеплом, надеть на голову терновый венец, взять под левую руку крест, в правую руку — плеть или розгу и затем, расхаживая по помещению, где происходили ежедневные трапезы, и вознося к престолу Всевышнего обычные молитвы, — наносить себе беспощадные удары. Особенно строго обращались с послушниками и послушницами ордена: их наказывали за самые ничтожные и малозначащие проступки. Бывало так, что на обнаженных спинах их сжигали бумагу, затем секли их и угрожали исключением из братии до тех пор, пока несчастные не ходатайствовали о назначении им еще более суровых наказаний. Согласно существующему предписанию, кающиеся должны были пасть на колени, обнажить свою спину и после совершения экзекуции поблагодарить исполнителя наказания словесно и, кроме того, поцеловать полу его платья.
У монашенок-кармелиток существовало три степени покаяния, в зависимости от совершенного ими преступления или нарушения орденских статутов. Одних наказывали в особых помещениях, других в присутствии всех обитателей монастыря с настоятелем или замещающим его. Первый род наказания применялся к тем монашенкам, которые бегали на кухню или посвящали слишком много времени процедуре одевания. В комнату для посетителей монашенка не смела являться одна: ее постоянно сопровождала другая кармелитка, которая все время наблюдала за ней. И если монашенка говорила со своим гостем или гостьей о светских делах, то приговаривалась к содержанию в течение девяти дней в карцере и — для освежения — к порке через два дня в третий. Тому же наказанию подвергалась монашенка-наблюдательница, присутствовавшая при совершении преступления и не донесшая об этом. Те, которые являлись в комнату, предназначенную для приема гостей, сами наказывались три раза розгами в присутствии всех сестер-монашенок и, помимо этого, переводились в одиночное заключение на три дня на хлеб и воду. Если же провинившаяся, не пригласив сестры, кроме того, разговаривала еще с посторонними, то наказание в значительной степени усиливалось. Преступница должна была лечь на пол и в таком положении просить прощения, затем должна была обнажить свои плечи и получить от настоятеля столько ударов, сколько ему заблагорассудится. Получив разрешение встать, она отправлялась в свою келью и, не пользуясь обычными правами и преимуществами, оставалась там до тех пор, пока ей не давали знать, что получилось от настоятеля прощение. Во время трапезы, одетая в рубище, провинившаяся должна была лежать в столовой на полу, и здесь получала она отпущенное ей количество хлеба и воды. При богослужении она должна была лежать распростертой у входа на хоры, причем сестры либо переступали через нее, либо ходили по ее спине.