Наказания за еретичество, в зависимости от важности совершенного преступления, назначались различные. Если виновный принадлежал к простонародию, то его заставляли носить позорную шапку на голове, язык его фиксировался во рту при помощи железного или деревянного кляпа, его влекли по улицам города, жестоко избивали плетьми и затем сжигали на костре. Если же совершивший такое преступление происходил из знатного рода, то его заточали на известное время в монастырь и обкладывали особым, так называемым «покайным штрафом», доходившим иногда до значительных сумм. Если проступок, например клятвопреступление, признавался не очень тяжелым, то кающийся должен был во время богослужения оставаться в церкви без шляпы, плаща и сапог, туловище его обвивала веревка, в руку ему давали зажженную свечку.
Гадальщики на картах, предсказыватели судеб и астрологи наказывались изгнанием, лишением звания и прав состояния, поркой или, наконец, тюремным заключением, в зависимости от тяжести содеянного преступления.
Евреи были особенно ненавистны инквизиции, к ним придирались безжалостно, их обкладывали денежными штрафами, секли розгами и сажали в тюрьмы.
Лжесвидетели приговаривались к вечному одиночному заключению; в тех же случаях, где ложные показания не имели дурных последствий, виновных подвергали бастонаде, порке плетью и изгнанию или ссылке.
Когда инквизиция приговаривала какого-либо монаха к наказанию розгами или плетью, то экзекуция производилась в том самом монастыре, к которому был причислен монах, в присутствии нотариуса святого трибунала. Сначала преступника водили вокруг монастыря со связанными руками, а затем во время шествия начиналось сечение по обнаженным плечам и спине, производившееся самими братьями-монахами. Монотонность вечного тюремного заключения впоследствии разнообразилась тем, что преступников время от времени назначали привратниками у церковных дверей.
Одним из изданных декретов повелевалось, чтобы кающиеся присутствовали на богослужении по воскресным и праздничным дням; затем было сделано следующее добавление: «Во все воскресные и праздничные дни, во время чтения мессы, между апостолом и евангелием, в церковь должны быть введены еретики, без верхнего платья, капюшона и шляпы, с розгами в руках: в это время их следует сечь. И пусть священник, совершающий мессу, разъяснит всем присутствующим на богослужении мирянам, что наказание возложено на преступников за то, что, по еретическим наклонностям своим, они совершили великие грехи».
Приговоры инквизиции производились обычно путем аутодафе (сожжение на костре) en masse, т. е. гуртом. Что в других государствах считалось обыкновенной казнью преступников, то у испанцев и других католических народов почиталось религиозным огнем и доказательством ревностного верования. Аутодафе эти производились чаще всего при восшествии на престол или во время других грандиозных народных празднеств. После того как самые опасные еретики и другие подобные им грешники сжигались, приговоренные за мелкие преступления к порке усаживались на следующий после казни товарищей день на осла, провозились по площадям и наиболее оживленным улицам города и во время шествия жестоко наказывались плетьми, батогами или розгами.