21 января 1944 года от П. Фитина, начальника внешней разведки НКВД, в ГРУ поступило письмо с официальной просьбой передать Клауса Фукса разведке НКВД.
Так Клаус Фукс, который из Лондона с группой физиков выехал в США, приобрел, не ведая того, нового руководителя из другой специальной службы. Для него это не имело никакого значения. Для советской же разведки это был серьезный шаг, который был направлен на концентрацию сил разведывательных служб СССР на одном из важнейших направлений разведывательной работы. Это вызывалось необходимостью держать оперативную информацию по руководству агентами в одних руках, упредить возможные пересечения тайных троп офицеров двух разведок при решении одной задачи, повысить безопасность иностранных ученых-атомщиков, передававших СССР техническую документацию по урановым проектам Великобритании и США.
В это же время было принято решение о целенаправленной координации деятельности разведок НКВД и Красной Армии по атомной проблеме. Оно было выработано на первом совещании руководителей военной разведки и НКВД в начале 1944 года. Председательствовал на этом совещании Л. П. Берия, в его работе приняли участие начальник военной разведки генерал-лейтенант И. Ильичев и полковник М. Мильштейн. Разведку НКВД представляли ее начальник П. Фитин и Г. Овакимян. Присутствовал на совещании и полковник П. Судоплатов.
Главным координатором действий двух разведок в этом важном деле стала разведка НКВД, в которой была создана группа «С». Руководителем ее был назначен П. Судоплатов. Основная задача этого подразделения состояла в «координации деятельности работы Разведупра и НКВД по сбору информации по урановой проблеме и реализация полученных данных внутри страны». С этого дня результаты работы двух разведок по «Проблеме № 1» регулярно докладывались лично Л. Берии, рабочий кабинет которого находился на Лубянке.
Клаус Фукс станет одним из самых важных источников информации по атомной проблеме внешней разведки НКВД. Он будет сотрудничать с советской разведкой еще несколько лет и передаст много ценных материалов.
В середине 1946 года К. Фукс уехал из США в Великобританию, где ему предложили должность руководителя департамента теоретической физики в новом британском Научно-исследовательском центре атомной энергии в Харуэлле (Harwell). Этот центр расположился на базе королевских ВВС под Оксфордом. Фукс стал главным теоретиком Харуэлла, третьим лицом британского атомного центра, в котором работал до середины 1949 года, помогая Великобритании создавать атомное оружие. После окончания Второй мировой войны Англия вновь вспомнила о своих имперских амбициях. Но неожиданно для себя британское правительство встретилось с новыми трудностями. В августе 1946 года американский конгресс принял законопроект, который запрещал администрации США передавать какие-либо секреты по атомному оружию другим странам. Доступ Великобритании к общим с США атомным секретам был закрыт. Работая в Харуэлле, К. Фукс обратил внимание на то, что британская разведка не осталась в долгу перед своими американскими коллегами. Многие важные документы, которые разрабатывались британскими учеными в США, были заблаговременно вывезены британскими разведчиками в Лондон. Говорят, что ворон ворону глаз не выклюет. Американская и британская разведки действовали иначе.