В первой половине 1948 года профессор Рудольф Пайерлс писал директору атомного центра в Харуэлле Джону Кокрофту:
«К. Фукс, вероятно, является первым кандидатом на должность заведующего кафедры университета по математической физике, если откроется такая вакансия, ибо он один из немногих ученых, кто способен создать сильную школу теоретической физики».
После взрыва советской атомной бомбы в 1949 году на Семипалатинском полигоне американцы испытали такой же шок, как и после уничтожения японцами основных сил их Тихоокеанского флота в Пёрл-Харборе 7 декабря 1941 года. На британских лидеров неожиданный семипалатинский взрыв тоже произвел сильное впечатление.
Агенты ФБР снова начали искать в США советских атомных шпионов, которые, как предполагалось, передали русским американские атомные секреты. Никто в Вашингтоне и Лондоне не мог и не хотел поверить в то, что Россия, экономика которой была в значительной степени разрушена в годы Второй мировой войны, способна создать собственное атомное оружие в столь короткий срок.
Говорят, что все тайное рано или поздно становится явным. Возможно. Агенты ФБР вновь тщательно изучили все старые дела. В конечном итоге, контрразведке удалось кое-что найти. Директор ФБР Эдгар Гувер сообщил начальнику британской контрразведки П. Силитоу о своих подозрениях.
Совместные усилия сотрудников двух контрразведывательных служб США и Великобритании в конце концов позволили выйти на К. Фукса. Но доказательств того, что именно он передавал советской разведке секретные сведения, по-прежнему не было.
Как ни странно, но британской контрразведке помог сам Клаус Фукс. Как-то он рассказал сотруднику службы безопасности Центра атомной энергии подполковнику авиации Арнольду, с которым был в дружеских отношениях, о том, что его отец, проживавший в Западной Германии, получил приглашение занять должность профессора теологии в Лейпциге, который находился в русской зоне оккупации. Фукс спросил Арнольда, не скажется ли это на его положении и не следует ли ему уволиться с работы на секретном атомном объекте?
Арнольд воспользовался откровенностью К. Фукса, стал чаще с ним встречаться в неофициальной обстановке, пытаясь узнать обо всех контактах ученого в Великобритании и США. Так началась разработка К. Фукса британской контрразведкой. К ней был подключен опытный сотрудник МИ-5 Уильям Д. Скардон. Он провел несколько встреч с К. Фуксом, в ходе которых состоялись длительные и откровенные беседы. Фукс рассказал, что в 1933 году был членом коммунистической партии, но категорически отрицал, что во время работы в США передавал представителям СССР атомные секреты.