Зиму 1220–1221 года Чингисхан провел на удобной для зимовки армии местности к югу от Самарканда, откуда еще поздней осенью отправил сильный отряд под начальством трех царевичей и Богурчи-нойона для овладения цветущим Хорезмским (ныне Хивинским) оазисом, чтобы не оставлять у себя на фланге эту удобную для вражеских предприятий базу… После продолжительной осады г. Хорезм (Гургандж, ныне Ургенч) был взят. Во время осады его монголы с целью затопления города произвели огромные работы для отвода Амударьи в другое русло. Затопление не удалось, но географическая карта бассейна нижней Амударьи понесла изменения, которые впоследствии ставили в тупик ученых географов. Взятие Хорезма, как и других городов, попавших в руки монголов после сильного сопротивления, сопровождалось страшным кровопролитием.
Во время осады Хорезма отношения между старшими сыновьями Чингисхана — Джучи и Чагатаем — настолько обострились, что грозили перейти в открытую борьбу, разумеется, с крайним ущербом для успеха порученного им дела и для поддержания дисциплины в войсках осадного корпуса. Узнав об этом, Чингисхан назначил своего третьего сына Угедея главным начальником осады, подчинив ему старших братьев, к крайнему неудовольствию последних. Тем не менее обладавший большим умом и тонким тактом Угедей сумел помирить братьев между собою, успокоить их самолюбие и восстановить дисциплину. После этого Хорезм был взят штурмом.
Переправившись весною 1221 года через Амударью, Чингисхан занял Балх и подошел Талькану: Кцаревич Тулуй послан на Хорасан для завоевания этой области.
Несмотря на все одержанные до тех пор успехи, монгольский самодержец отлично сознавал, что борьба еще далеко не окончена. Даже смерть Мухаммеда делу не помогла, так как заместивший его сын Джелал-ад-Дин оказался обладающим энергией и решительностью в гораздо большей степени, чем покойный султан. Мусульманский мир, считая Чингисхана бичом Божьим и исчадием ада, деятельно вооружался против него и мог выставить еще многие сотни тысяч воинов, в то время как монгольская армия сильно таяла от неизбежных потерь на войне. Лучшие из орхонов отсутствовали: Джебе и Субедей — в дальнем набеге, Мукали — в Китае, Тилик и Тогучар убиты в сражениях. Чингисхан чувствовал потребность в советах своего любимца Субедея и послал ему приказ о прибытии в ставку. Субедей явился в Балх и, проведя несколько дней с ханом, вернулся к своему отряду, проскакав в общей сложности несколько тысяч верст.
Против Джелал-ад-Дина, формировавшего армию в Газни (в Афганистане), Чингисхан отрядил своего приемного брата воеводу Шиги-Кутуку, но он потерпел от своего храброго противника у г. Бамиана поражение, явившееся первой крупной неудачей монголов в эту войну. Шиги-Кутуку с остатками своего отряда возвратился к своему повелителю, который с полным спокойствием принял известие о поражении, ничем на выразив своего неудовольствия побежденному вождю. По этому поводу он высказал лишь следующую глубокую истину: