Стиль руководства Драгута сказался очень скоро. Батарею на Шиберассе усилили пятьюдесятью пушками. Новая батарея была размещена на мысе Тинье (северный берег бухты Слима-крик) для бомбардировки Сан-Эльмо с севера и еще одна на мысе Рикасоли (крайняя юго-восточная точка Большой гавани), откуда турецкие орудия могли простреливать часть Большой гавани между фортами Сан-Эльмо и Сан-Анджело, прекращая движение лодок с подкреплением. Через день после прибытия Драгута сила огня, ведущегося по Сан-Эльмо, была удвоена. 3 июня заработала новая батарея на мысе Тинье. Однако усилилась и стрельба обороняющихся.
С началом лета жара стала причинять новые неприятности и осажденным, и осаждающим, не столько из-за недостатка воды, сколько из-за разложения трупов, лежащих во рвах и траншеях. Рыцари собирали всех своих убитых внутри форта и по-христиански предавали земле, но не имели такой возможности в отношении других, поскольку практически вся земля за пределами форта была в руках турок. В то же время осаждающих начала косить дизентерия, возникшая из-за отравления мальтийцами колодцев в Марсе (крайняя южная точка Большой гавани), где турки открыли госпиталь для лечения раненых и заболевших. Однако для христиан положение ухудшилось значительнее, поскольку они лишились возможности получать подкрепления из Сан-Анджело и стали более экономны в отношении еды и снаряжения. Турки рвались в решающую атаку на форт, но Драгут выжидал, стремясь выбрать подходящий момент.
Однажды ранним утром турецкие саперы произвели разведку. Не замеченные часовыми, двое из них подобрались к стене и через нижнюю амбразуру увидели, что все христианские воины спят. Через несколько минут с диким криком янычары ринулись в атаку. Большинство застигнутых врасплох христиан было перебито, но несколько из тех, что остались в живых, сдерживали своим огнем янычар, лезущих по штурмовым лестницам и перекидным мостикам, пока оставшиеся защитники не вбежали внутрь форта и не закрыли ворота. Янычары продолжили свою атаку, но были встречены огнем из мушкетов и зажигательными снарядами. Последние представляли собой небольшие горшочки, наполненные легкогорючими смесями и снабженные запалом. Они поджигались, метались на расстояние до тридцати ярдов и, взрываясь, охватывали огнем большую площадь. Использовалось также приспособление, напоминавшее трубу и извергавшее огонь. Оно было снабжено механизмом, выбрасывавшим два небольших железных или бронзовых цилиндра, наполненных порохом, в свою очередь выстреливавших пулями. Эти виды оружия предназначались для ближнего боя и с большим успехом были использованы защитниками Сан-Эльмо против янычар.