Воспользовавшись однажды отсутствием королевы, Людовик XIII, сговорившись с Линем, приказал барону Витри убить маршала д'Анкра. Этот убийца, руки которого были обагрены кровью его жертвы, тут же получил маршальский жезл, а фаворит короля, де Линь, тотчас же вступил во владение огромным состоянием фаворита Марии Медичи.
Тело предательски убитого маршала было растерзано и поругано опьяневшей чернью.
Новому маршалу Витри было поручено объявить Элеоноре о смерти ее мужа и отвезти ее в Бастилию. Ее схватили, не позволив проститься с детьми, которых ей больше уже не суждено было увидеть…
А королева, узнав о смерти маршала и заключении своей молочной сестры, даже на словах не пожалела об их горькой участи.
— Мне некогда думать о них! Никогда больше не говорите об этих людях! — сказала она. — Они не слушались моих советов, тем хуже для них!
Судьба Элеоноры была решена, но во время процесса дочь простого флорентийского плотника уничтожала своим великодушием и преданностью королеву Франции!
Процесс маркизы имел тройную цель: он должен был извинить, мотивировать убийство маршала, захват его богатства и скомпрометировать королеву-мать.
Допрошенная о причинах смерти Генриха IV, Элеонора отвечала с необыкновенной твердостью и ясностью, удивившими ее судей, которые были, разумеется, предубеждены против нее.
С той же энергией она защищалась против обвинения в том, что мешала розыску убийц покойного короля. Она удовлетворила все расспросы своих судей, отрицая или объясняя факты так, чтобы отвлечь всякие подозрения от себя, и, главное, от королевы-матери, которую хотели во что бы то ни стало сделать сообщницей Равальяка (убийцы Генриха IV). Но новый фаворит, де Линь, его братья и несколько других вельмож и придворных требовали осуждения ее во что бы то ни стало.
Процесс раздвоился: не имея возможности поддержать обвинение в оскорблении величества, Элеонору обвинили в святотатстве: ей предъявили обвинение в том, что она якобы при помощи магии и волшебства околдовала королеву. Ее обвиняли в том, что она обладала таинствами, различными восковыми фигурками, найденными в потаенных уголках. Ее обвинили в том, что она выписала из Италии монахов, с которыми приносила святотатственные жертвы, закалывая для этого петухов и голубей в церквях.
На эти новые обвинения Элеонора ответила презрением.
От нее потребовали, чтобы она объяснила, каким образом и с помощью каких средств она овладела душой королевы, и только тут она отомстила своему другу детства, сказав: «Я овладела душой королевы только с помощью естественных и обычных средств, которыми обладает более высокий ум над более слабым…»