14 января 1554 года Висковатого на три года отлучили от церкви. В первый год он должен был стоять около храма, каяться и просить входящих в храм помолиться за него; во второй — входить в церковь только для слушания божественного писания; в третий — находиться в церкви, но без права общения. Довольно грубо ему предписывалось «ведать свой чин» и не воображать себя «головой», будучи «ногой».
Служебное положение Висковатого не изменилось в связи с отлучением от церкви: он оставался главой Посольского приказа. Не исключено, что сам царь покровительствовал Ивану Михайловичу.
9 февраля 1561 года Иван IV жалует Висковатого званием печатника — хранителя государственной печати, называет его «своим ближним и верным думцем».
С этого времени Висковатый в дипломатических документах одновременно именуется печатником и дьяком. Немец-опричник Генрих Штаден свидетельствовал: «Кто получил свою подписную грамоту, должен идти к Ивану Висковатому, который хранил печать. Человек он гордый, и счастливым мог почитать себя тот, кто получал от него грамоту в течение месяца».
Висковатый неоднократно произносил речи от имени Ивана IV. Так, в 1561 году, когда шведы просили о частичном изменении практики обмена посольствами между Москвой и Стокгольмом, он говорил: «То дело надлежит тягостнее свыше всего, что прородителей своих старина порушити».
В дипломатической практике часто использовались выдержки из документов Царского архива, ссылки на примеры прошлого. Послы украшали свою речь цитатами из библейских текстов, пословицами и афоризмами.
После возвращения из Дании в ноябре 1563 года Висковатый постоянно назначался царем в состав боярских комиссий для переговоров с иностранными послами, но практически не занимался делопроизводством Посольского приказа.
Во время пребывания Висковатого в Дании дьяк Андрей Васильев стал величаться «Царского Величества думным дьяком» и сохранил это звание в дальнейшем. Таким образом, летом 1562 года дело посольского дьяка фактически перешло к Васильеву. Висковатый, как глава Посольского приказа продолжал оставаться советником.
Документальных свидетельств о его деятельности по возвращении из Дании немного. Висковатый, Васильев и ставленник Захарьиных Никита Фуников, возглавлявший Казенный приказ, держали в своих руках важную приказную документацию.
7 мая 1570 года Иван IV принял в Москве литовских послов, а «встречи им были две: первая встреча, вышед из столовых сеней на рундуке печатник Иван Михайлович Висковатого, да дьяк Андрей Щелкалов». В июне 1570 года Висковатый участвовал в переговорах боярской комиссии с польскими послами в Москве и 22 июня вручил послам грамоту.