Кроме того, он готовил проекты ответов, оценивал ситуацию по тому или иному вопросу, планировал дальнейшие действия. Его профессионализм, эрудиция во многом способствовали, в частности, развитию русско-британских отношений, налаживанию свободной торговли.
Он активно изучал обстановку в Прибалтике, вел лично переговоры в 1562 году в Дании, с тем чтобы ослабить союз противостоящих России государств — Польши, Швеции, Ливонии, Дании. Им был заключен с ней союзный договор и двадцатилетнее перемирие со Швецией.
Иван Михайлович Висковатый многое успел сделать, пока Иван Грозный не поставил на его карьере крест. Обстановка в стране становилась все напряженнее. Больному царю всюду мерещились измены и заговоры. Опричная Дума приняла решение о походе в западные районы. В январе 1570 года карательная экспедиция устроила жестокий погром в Новгороде.
Сразу же после возвращения царя из Новгорода было затеяно так называемое московское дело высших приказных чинов, по которому среди прочих арестовали и казнили родного брата Висковатого — Третьяка.
Иван Михайлович объяснился с царем, убеждая его прекратить кровопролитие. Болезненно подозрительный Иван IV решил, что против него сложилась оппозиция.
Висковатый настойчиво советовал царю, чтобы он «в особенности же не истреблял своего боярства, и просил его подумать о том, с кем же он будет впредь не то что воевать, но и жить, если он казнил столько храбрых людей».
В ответ на слова Висковатого царь разразился угрозами: «Я вас еще не истребил, а едва только начал, но я постараюсь всех вас искоренить, чтобы и памяти вашей не осталось».
Он был огульно обвинен в участии в боярском заговоре, сношениях с Польшей, Турцией и Крымом, облыжно обвинен в государственной измене и приговорен к смертной казни.
Вскоре более 300 человекам было предъявлено обвинение, в том числе почти всем главным дьякам московских приказов. На площади в Китай-городе в присутствии самого царя Висковатому первому прочли обвинительные пункты: будто бы он состоял в заговоре с целью сдать Новгород и Псков польскому королю Сигизмунду, хотел посадить на трон Старицкого, изменнически сносился с турецким султаном, которому предлагал взять Казань и Астрахань, и звал крымского хана опустошать Россию.
25 июля 1570 года великий дипломат был казнен на рыночной площади. Сначала опричники пытались заставить его публично признаться в своих преступлениях и просить царя о помиловании.
Висковатый начал речь к народу, в которой назвал эти обвинения наглыми клеветами, но ему не дали говорить. Но его последние слова были: «Будьте прокляты, кровопийцы, вместе с вашим царем».