Царь Федор даже и не пытался интересоваться делами в государстве. Вставал он очень рано, принимал у себя в покоях своего духовного отца, затем дьяка с иконой того святого, чей день ныне отмечался, царь целовал икону, далее после продолжительной молитвы принимался за обильный завтрак. И весь день государь или молился, либо ласково разговаривал со своей женой, или беседовал с боярами о пустяках. Вечером он любил развлекаться с придворными шутами и карликами. После ужина царь снова долго молился и ложился спать. Регулярно он выезжал в паломничества по святым обителям и православным монастырям в сопровождении целой свиты телохранителей, приставленных к царю и его жене Годуновым.
Тем временем сам Борис Годунов занимался важными проблемами внешней и внутренней политики. Царствование Федора Ивановича проходило мирно, так как ни царь, ни Борис Годунов не любили войну. Только однажды пришлось русским войскам взяться за оружие, в 1590 году, чтобы отвоевать у шведов захваченные при Иване Грозном Корелу, Иван-город, Копорье и Яму.
Годунов всегда помнил о сосланном в Углич вместе с матерью малолетнем царевиче Дмитрии (сыне Ивана Грозного) и прекрасно понимал, что он не удержится у власти, если вдруг умрет Федор Иванович. Ведь тогда преемником престола объявят Дмитрия как сына Ивана IV, законного наследника престола и продолжателя рода Рюриковичей.
Хитрый Годунов тогда стал распускать слухи о неизлечимой болезни Дмитрия, о жестокости мальчика по отношению к животным и людям. Борис всех пытался убедить, что Дмитрий так же кровожаден, как и его отец.
Царевич Дмитрий родился за два года до смерти отца – Ивана Грозного. В Угличе наблюдать за царевичем и его матерью Борис Годунов приставил своего доносчика, Михайло Битяговского.
Царевич Дмитрий от рождения страдал падучей болезнью (эпилепсией), отчего временами падал на землю и бился в судорогах. При невыясненных обстоятельствах 15 мая 1591 года он погиб в Угличе, в возрасте девяти лет.
Вместе со своей нянькой Дмитрий вышел погулять во двор, где в тот момент другие дети играли в «тычку» (на меткость втыкали ножечки). Что произошло в тот момент во дворе, до сих пор достоверно никому неизвестно. Возможно, царевич Дмитрий был убит кем-то из игравших детей или находившихся неподалеку слуг (убит по приказу Бориса Годунова).
Или же у него начался припадок, Дмитрий упал на землю и случайно сам себе перерезал горло. Игравший с царевичем Петруша Колобов впоследствии так рассказывал: «...Играл-де царевич в «тычку» ножичком... и пришла на него болезнь, падучий недуг, и набросился он на нож».