В то время стало необходимо провести и реформу церкви. Богослужебные книги до предела истрепались, в переписываемых от руки текстах накопилось огромное количество неточностей и ошибок. Часто церковные службы в одном храме очень сильно отличались от такой же службы в другом. Все это «нестроение» было очень тяжело видеть молодому монарху, который всегда очень радел за укрепление и распространение православной веры.
При Благовещенском соборе Московского Кремля был кружок «боголюбцев», куда входил и Алексей Михайлович. Среди «боголюбцев» было несколько священников, игумен Новоспасского монастыря Никон, протопоп Аввакум и несколько светских дворян.
В помощь кружку в Москву были приглашены украинские ученые монахи, которые занимались изданием богослужебной литературы. Был перестроен и расширен Печатный двор. Увеличилось количество выпускаемых книг, предназначенных для обучения: «Азбука», Псалтырь, Часослов; они много раз переиздавались. В 1648 году по приказу царя вышла в свет «Грамматика» Смотрицкого.
Но наряду с распространением книг, начались гонения на скоморохов и народные обычаи, идущие из язычества. Народные музыкальные инструменты изымались, была запрещена игра на балалайках, очень осуждались маскарадные маски, гадания и даже качели.
Царь Алексей Михайлович уже возмужал и более не нуждался в чьей-либо опеке. Но мягкая, общительная натура царя нуждалась в советчике и друге. Таким «собинным», особенно любимым другом для царя стал митрополит новгородский Никон.
После смерти патриарха Иосифа царь предложил принять верховный духовный сан своему другу – новгородскому митрополиту Никону, взгляды которого Алексей полностью разделял. В 1652 году Никон стал Патриархом всея Руси и ближайшим другом и советником государя.
Патриарх Никон не один год проводил церковные реформы, которые поддерживал государь. Эти нововведения вызвали у многих верующих протест, они посчитали исправления в богослужебных книгах предательством веры их отцов и дедов.
Первыми открыто выступили против всех нововведений монахи Соловецкого монастыря. По стране пошла церковная смута. Ярым врагом нововведений стал протопоп Аввакум. Среди так называемых старообрядцев, не принявших изменения, вносимые в богослужения патриархом Никоном, были и две женщины из высшего сословия: княгиня Евдокия Урусова и боярыня Феодосия Морозова.