Собор русского духовенства в 1666 году все же принял все нововведения и книжные исправления, подготовленные патриархом Никоном. Всех староверов церковь предала анафеме (прокляла) и назвала их раскольниками. Историки считают, что в 1666 году произошел раскол в Русской православной церкви, она оказалась расколотой на две части.
Патриарх Никон, видя трудности, с которыми идут его реформы, самовольно оставил патриарший престол. За это и за недопустимые для православной церкви «мирские» наказания раскольников по приказанию Алексея Михайловича собором духовенства Никон был лишен сана и отправлен в Ферапонтов монастырь.
В 1681 году царь Федор Алексеевич разрешил Никону вернуться в Новоиерусалимский монастырь, но в дороге Никон умер. Впоследствии патриарх Никон был канонизирован Русской православной церковью.
Крестьянская война под предводительством Степана Разина
В 1670 году на юге России началась Крестьянская война. Восстание возглавил донской казацкий атаман Степан Разин.
Объектом ненависти восставших были бояре и чиновники, царские советники и прочие сановники, не царя, а их обвинял народ во всех бедах и несправедливостях, творившихся в государстве. Царь был для казаков воплощением идеала и справедливости. Церковь предала Разина анафеме. Царь Алексей Михайлович призывал народ не присоединяться к Разину, и тогда Разин двинулся на реку Яик, взял Яицкий городок, затем грабил персидские суда.
В мае 1670 года он со своим войском отправился на Волгу, взял города Царицын, Черный Яр, Астрахань, Саратов, Самару. Он привлек к себе многие народности: чувашей, мордву, татар, черемисов.
Под городом Симбирском войско Степана Разина было разбито князем Юрием Барятинским, но сам Разин уцелел. Ему удалось бежать на Дон, где он был выдан атаманом Корнилом Яковлевым, привезен в Москву и там казнен на Лобном месте Красной площади
6 июня 1671 года.
С участниками восстания расправились тоже самым жестоким образом. При проведении дознания к бунтовщикам применялись самые изощренные пытки и казни: отсечение рук и ног, четвертование, виселица, массовые ссылки, выжигание на лице буквы «Б», означавшей причастность к бунту.