Благодаря их влиянию при царе Федоре Алексеевиче принятие важных государственных решений было перенесено в Боярскую думу, число членов которой при нем возросло с 66 до 99. Царь был также склонен лично принимать участие в управлении.
Царь Федор Алексеевич Романов
В делах внутреннего управления страной Федор Алексеевич оставил след в истории России двумя нововведениями. В 1681 году был разработан проект создания впоследствии знаменитой, а тогда первой в Москве, Славяно-греко-латинской академии, которая открылась уже после смерти царя. Многие деятели науки, культуры и политики вышли из ее стен. Именно в ней в XVIII веке учился великий русский ученый М. В. Ломоносов.
Причем, к обучению в академии должны были допускаться представители всех сословий, а бедным назначались стипендии. Академии царь собирался передать всю дворцовую библиотеку, а будущие выпускники могли претендовать на высокие государственные должности при дворе.
Патриарх Иоаким был категорически против открытия академии, он вообще был против светского образования в России. Царь пытался отстоять свое решение.
Федор Алексеевич приказал строить для детей-сирот специальные приюты и обучать их разным наукам и ремеслам. Государь хотел устроить всех нетрудоспособных в богадельни, которые строил на свои средства.
В 1682 году Боярская дума раз и навсегда отменила так называемое местничество. По существовавшей в России традиции на различные должности государственные и военные люди назначались не в соответствии с их заслугами, опытом или способностями, а в соответствии с местничеством, то есть с тем местом, которое занимали в государственном аппарате предки назначаемого.
Симеон Полоцкий
Сын человека, занимавшего когда-то низкую должность, никогда не мог стать выше сына чиновника, занимавшего в свое время более высокое положение. Такое положение вещей многих раздражало и мешало эффективному управлению государством.
По желанию Федора Алексеевича 12 января 1682 года Боярская дума отменила местничество; разрядные книги, в которых были записаны «разряды», то есть должности, были сожжены. Вместо них все старые боярские роды были переписаны в специальные родословцы, чтобы их заслуги не были забыты потомками.
В 1678—1679 годах правительством Федора была проведена перепись населения, отменен указ Алексея Михайловича о невыдаче беглых, записавшихся в ратную службу, введено подворное обложение (это сразу же пополнило казну, но усилило крепостной гнет).
В 1679—1680 годах была сделана попытка смягчить на европейский манер уголовные наказания, в частности, было отменено отрубание рук за воровство. С тех пор виновных ссылали в Сибирь с семьями.