Отец – Алексей Михайлович Романов, царь и великий государь всея Руси.
Мать – Мария Ильинична Милославская, первая жена царя Алексея Михайловича.
Федор Алексеевич Романов родился в Москве 30 мая 1661 года. За время царствования Алексея Михайловича не раз возникал вопрос о наследовании престола, так как в 16 лет умер царевич Алексей Алексеевич, а второму царскому сыну Федору было в ту пору девять лет.
Все-таки именно Федор наследовал престол. Это произошло, когда ему было 15 лет. Юного царя венчали на царство в Успенском соборе Московского Кремля 18 июня 1676 года. Но Федор Алексеевич не отличался хорошим здоровьем, с детства был слабым и болезненным. Страной он правил всего шесть лет.
Царь Федор Алексеевич был прекрасно образован. Он хорошо знал латынь и свободно говорил по-польски, знал немного древнегреческий язык. Царь разбирался в живописи и церковной музыке, имел «великое искусство в поезии и изрядные вирши складывал», обученный основам стихосложения, он сделал стихотворный перевод псалмов для «Псалтири» Симеона Полоцкого. Его представления о царской власти были сформированы под влиянием одного из талантливых философов того времени Симеона Полоцкого, бывшего воспитателем и духовным наставником царевича.
После воцарения юного Федора Алексеевича поначалу страной пыталась руководить его мачеха, Н. К. Нарышкина, которую удалось устранить от дел родственникам царя Федора, направив ее вместе с сыном Петром (будущим Петром I) в «добровольную ссылку» в подмосковное село Преображенское.
Друзьями и родственниками молодого царя были боярин И. Ф. Милославский, князья Ю. А. Долгоруков и Я. Н. Одоевской, которых в 1679 году сменили стольничий М. Т. Лихачев, постельничий И. М. Языков и князь В. В. Голицын. Это были «люди образованные, способные и добросовестные». Именно они, имевшие на юного царя влияние, энергично взялись создавать дееспособное правительство.