Дю Пати дю Клам считал этот факт неотразимой «психологической уликой» против Дрейфуса. Он встал и торжественно произнес:
— Капитан Дрейфус, я арестую вас именем закона. Вы обвиняетесь в государственной измене!
Дрейфус удивленно взглянул на своего обвинителя и не произнес ни слова. Он не оказал сопротивления, когда Кошфер с помощником подошли, чтобы обыскать его. Ошеломленный всем происходящим, он, заикаясь, начал протестовать, уверяя в полной своей невиновности. Наконец, он крикнул:
— Вот мои ключи! Идите ко мне и обыщите все! Я невинен!
Дю Пати дю Клам держал под папкой наготове револьвер. Он показал его Дрейфусу, и тот возмущенно крикнул:
— Ну, что ж, стреляйте!
Маркиз отвернулся и многозначительно проговорил:
— Не наше дело убивать вас.
Тогда Дрейфус с минуту глядел на оружие и как будто начал приходить к страшному выводу. Рука его уже поползла к револьверу, но внезапно он отдернул её, словно его обожгло.
— Нет! Я буду жить и докажу свою невиновность!
Все это время некий майор Анри из разведки прятался за портьерой. Когда отказ капитана Дрейфуса покончить жизнь самоубийством стал окончательно ясен, он появился на сцену, чтобы взять обвиняемого под стражу. Дрейфуса отправили в военную тюрьму на улице Шерш-Миди.
Арест и заточение артиллерийского офицера произведены были во плану антисемитски настроенных членов генерального штаба и «обоснованы» были ничем не подтвержденной догадкой Альфонса Бертильона, уже прославившегося изобретателя антропометрического метода. Догадка эта заключалась в том, что некий документ из 700 слов, не имеющий ни подписи, ни адреса, был написан рукой Дрейфуса. Этот документ, впоследствии получивший широкую известность под наименованием «бордеро», был чем-то вроде энциклопедии измен: в нем были перечислены пять планов, имеющих важное стратегическое значение, которые автор письма предлагал продать за большую сумму.
Дрейфус сидел в одиночке до 5 декабря, когда ему, наконец, разрешили пригласить к себе защитника и написать жене. Офицеры генерального штаба предупредили её и других членов семьи Дрейфуса, что они лучше всего обеспечат интересы арестованного, если не будут предпринимать ничего и согласятся хранить полное молчание. Они в точности последовали этому совету, хотя им не сообщили даже, в чем обвиняют капитана Дрейфуса.
Дрейфуса подвергали все новым допросам. В его доме произвели тщательный обыск, но число весьма хрупких улик отнюдь не возросло. Он был настолько поражен и ошеломлен всем происшедшим, что почти не защищался. Он только отрицал свою вину, вновь и вновь утверждая, что никогда и в мыслях не имел торговать военными тайнами.