Свою роль бродячего коммерсанта он играл бесподобно. Сам никому не доверял, держал себя «рубахой-парнем» и легко завоевал доверие незнакомых людей. Австрийцам его поведение ни разу не показалось подозрительным, хотя он месяцами скромно вращался среди них, собирая сведения, которые обилием содержащихся в них точнейших деталей удивили даже начальника генерального штаба прусской армии фон Мольтке.
1865 год принес Пруссии победу над Австрией. Благодаря сведениям, собранным главным шпионом Бисмарка, штаб прусской армии сумел заранее составить форменное расписание своего победоносного марша. Солдаты Пруссии и её союзников были лучше обучены, лучше снаряжены и имели более искусных командиров, чем их противники, и без особых затруднений достигли целей, намеченных этим планом. Единственное серьезное сражение при Садовой положило конец военным действиям, а заодно и влиянию Вены на политику Союза германских государств.
Во время войны с Австрией Вильгельм Штибер впервые за восемь лет играл видную роль руководителя нового отряда тайной полиции, созданной Бисмарком для обслуживания полевого штаба. Штибер несколько неожиданно втерся в главный штаб. Аристократическое штабное офицерство смотрело на эту помесь шпиона и полевого жандарма как на нечто, стоящее ниже лакея, и отказалось допустить Штибера в свою столовую. После этого Бисмарк пригласил Штибера к своему столу. Не удовлетворившись таким афронтом чванному офицерству, канцлер попросил Мольтке наградить шпиона орденом за превосходную работу в Богемии.
Главнокомандующий пожаловал Штиберу медаль, но негласно извинился перед своими коллегами за то, что наградил презираемого ими человека. Бисмарк ответил на это назначением Штибера на пост губернатора Брюнна, столицы Моравии в период прусской оккупации.
С согласия и при поддержке Бисмарка Штибер впервые заложил в Германии основы организованной системы контрразведки в Германии. По собственному почину он внес много улучшений во французскую систему, созданную первыми контрразведчиками Наполеона.
Именно Штибер ввел строгую военную цензуру всех телеграмм и писем, идущих с фронта. Это нововведение привело, прежде всего, к расширению его власти. Оно ничего не давало для победы в войне, исход которой не вызывал сомнений. Австрийская армия была воспитана в духе обороны; личные наблюдения убедили Штибера, что по сравнению с новой прусской винтовкой вооружение австрийцев устарело. Эта пассивность и отсталость австрийцев подсказали Штиберу следующий ход — организованную военную пропаганду.