В это время шла борьба между членами директории и Сибирским Правительством, окончившаяся победой Сибирского Правительства, низвержением директории и провозглашением Адмирала Колчака Верховным Правителем России. Чтобы понять причины этого переворота, необходимо остановиться на обстоятельствах образования Директории.
Во время свержения власти большевиков в Сибири и в Приволжье чехословацкими войсками, при содействии вновь сформированных Русских отрядов, состоявших из офицеров и волонтеров, в освобожденных областях образовались новые правительства, главнейшими из которых были следующие: С а м а р с к о е — составленное из членов Учредительного Собрания, по составу однородно партийное. В него входили исключительно члены партии социалистов-революционеров во главе с председателем собрания левым социалистом-революционером Черновым. Программа последнего, по существу, мало чем отличалась от программы большевиков. Он расходился с последними главным образом по вопросу об Учредительном собрании, и для него большевики были, конечно, ближе, чем национальные элементы. С и б и р с к о е — состоявшее из местных сибирских деятелей, подобралось по деловым признакам на внепартийной программе. Были еще правительства Уральское, Оренбургское, Алаш-Орды и другие, все они носили несоциалистический характер. Все правительства сознавали необходимость объединения власти. Для этой цели было собрано Государственное Совещание сначала в Челябинске, а затем в Уфе. На совещании шла борьба между группой, возглавляемой Сибирским Правительством, за которой стояла армия и национальные элементы, и группой, возглавляемой Самарским правительством, с которой шли социалисты-революционеры и социал-демократы интернационалисты. Социалисты умеренных групп партия «Единство», на родные социалисты и т. п. примыкали к группе Сибирского Правительства. Представители Самарского Правительства требовали образования Всероссийской власти, ответственной перед Комитетом Членов Учредительного Собрания, представители же Сибирского Правительства считали, что Всероссийская власть не может быть ответственна перед партийной организацией и должна быть основана на коалиции различных партий и классов населения. Особую позицию занимали торгово-промышленники и члены партии народной свободы, которые требовали передачи всей власти единоличному диктатору.
Тем временем фронт армии Самарского Правительства Народной Армии был тесним большевиками и Самара была ими занята. Это ускорило процесс образования общего правительства, и была избрана директория из числа лиц, входивших в состав Государственного Совещания. Членами директории были Председатель Авксентьев (социал-революционер умеренного крыла партии), Вологодский (Председатель Совета Министров Сибирского Правительства), Генерал Болдырев (Представитель Союза «Возрождения»), Виноградов (член партии Народной Свободы), Зензинов (социалист-революционер). Ответственность членов директории перед комитетом Учредительного Собрания была отклонена.