Директория переехала в Омск, резиденцию Сибирского Правительства, своего служебного аппарата она не имела, поэтому решено было переформировать Совет Министров Сибирского Правительства в Совет Министров Всероссийского Правительства.
Адмирал Колчак принял назначение на должность Военного и Морского Министра и вступил в эту должность 5-го ноября н. с. 1918 года.
С первых же шагов деятельности директории выяснилась зависимость ее членов социалистов от комитета членов Учредительного Собрания, часть которых находилась в Уфе, а часть — в Екатеринбурге. Этот комитет во главе с Черновым требовал от членов директории-социалистов отчета в их действиях. Кроме того, он негласно занимался формированием социалистических вооруженных отрядов. Чувствовалось, что комитет членов Учредительного Собрания подготовляет переворот с целью за хвата власти.
Деятельность директории сопровождалась банкетам и, потоками речей и бесконечными прениями. Между тем обстановка требовала энергичных действий. В омских общественных и офицерских кругах появились опасения за успех дела борьбы с большевиками при управлении страной директорией. Образовался заговор с целью свержения директории и установления единоличной диктатуры. Во главе заговора встал местный деятель, бывший член Государственной Думы В. Н. Попеляев, в нем участвовали представители казачества и офицерских организаций. Адмирал Колчак не знал о существовании заговора, хотя лично сочувствовал идее военной диктатуры. В начале ноября он уехал на фронт с целью ознакомления с нуждами армии и вернулся в Омск 17-го ноября, а в ночь с 17-го на 18-е ноября два члена Директории социалисты были арестованы офицерскими организациями. Утром собрался Совет Министров, который постановил признать Директорию распавшейся и поручить всероссийскую власть до окончания борьбы с большевиками и до созыва нового Учредительного Собрания одному лицу. Когда предложили наметить такое лицо, то адмирал Колчак предложил назначить Главнокомандующего фронтом генерала Болдырева. Совет Министров просил адмирала Колчака временно удалиться и во время его отсутствия избрал его Верховным Правителем.
Адмирал принял избрание Совета Министров. Он смотрел на него как на тяжелый крест, им не руководили никакие личные интересы, его единственная цель состояла в желании освободить Россию от большевиков и передать власть Национальному Учредительному Собранию. Эта цель была выражена в его обращении к населению, которое гласило:
«Всероссийское Временное Правительство распалось. Совет Министров принял всю полноту власти и передал ее мне, Адмиралу Александру Колчаку. Приняв крест этой власти в исключительно трудных условиях гражданской войны и полного расстройства государственной жизни, объявляю, что не пойду ни по пути реакции, ни по гибельному пути партийности.