В 1912 г. адмирал Эссен сказал Колчаку, что он хотел бы, чтобы он перешел на командные должности в составе Балтийского флота. К этому времени все основные вопросы подготовки к войне уже были разрешены, оставалось только руководить проведением их в жизнь. Уход Колчака из Морского Генерального Штаба был возможен, и он был назначен командиром эскадренного миноносца «Уссуриец». Через год адмирал Эссен назначил Колчака флаг-капитаном оперативной части Штаба Командующего Балтийским флотом и в то же время командиром эскадренного миноносца «Пограничник», являвшегося посыльным судном адмирала Эссена, на котором адмирал часто поднимал флаг, когда ходил на осмотр различных частей флота. Главная деятельность Колчака заключалась в продолжении подготовки флота к войне и в тактическом его обучении.
Весной 1914 года появились грозные признаки приближения войны и Колчак был освобожден от должности командира «Пограничника», чтобы сосредоточить все свое внимание на оперативной работе.
Летом началась война. Мобилизация флота прошла в изумительном порядке, по планам, подготовленным Колчаком. Каждый командир судна Балтийского флота помнит, как по сигналу о мобилизации, распечатав всегда хранившийся у него оперативный пакет, он точно знал свою задачу, место сосредоточения, планы минных заграждении и т. п.
С началом мобилизации был успешно выполнен план загражденья выхода из Финского залива минами — между островом Нарген и мысом Паркалауд было поставлено восемь линий, из 6000 мин. Благодаря этим минам неприятельский флот, несмотря на подавляющее превосходство сил над нами, в течение всей войны ни разу не пытался форсировать вход в Финский залив.
А. В. Колчак, как флаг-капитан оперативной части, руководил всеми операциями флота и лично участвовал в выполнении их. Когда командующий флотом ходил в море, Колчак всегда был с ним, когда же операции производились под командованием других флагманов, Колчак ходил в море, чтобы помочь своим советом и знанием обстановки. Он считал, что для того, чтобы составлять оперативные планы, необходимо лично участвовать в их выполнении, иначе планы могут не соответствовать обстановке.
Осенью 1914 г. адмирал Эссен расширил операции флота, занявшись постановкой мин на подходах к не приятельским портам Данцигу и Килю, пользуясь темными ночами. Это решение было чрезвычайно смелым и рискованным, так как наши старые и тихоходные крейсеры и миноносцы могли быть просто уничтожены превосходящими силами противника. Колчак лично принял участие в выполнении этих операций, и некоторые из них были произведены под его непосредственным командованием. Здесь проявились свойства Колчака как вождя, его активность, умение брать на себя ответственность, уменье учитывать риск, непреклонность решений.