После подписания Женевских соглашений руководство оппозиции при помощи властей Исламабада взяло курс на всяческое воспрепятствование процессу возвращения афганских беженцев на родину, привлекая для этого пограничников, отряды малишей и мятежников. Особенно частыми были случаи насильственных действий по отношению к беженцам в районах пограничных пунктов Ланди — Котал, Тери — Мангал и Чаман. Кроме того, в лагерях беженцев в Пакистане с ведома и при участии властей Исламабада была развернута активная пропагандистская деятельность по пресечению переселенческих настроений, вплоть до запугивания и публичных расправ. Поэтому, несмотря на усилия Афганистана по приему беженцев (развертывание сети палаточных городков, подготовка гостиниц, организация медицинского обслуживания и питания, выделение крупных финансовых средств в основном за счет безвозмездной помощи СССР), количество семей, возвращающихся из Пакистана, практически не увеличилось. При этом необходимо отметить, что около 80 процентов беженцев вернулись в Афганистан, минуя пограничные пункты.
Прямым нарушением Женевских договоренностей являлось также предоставление Пакистаном средств массовой информации для выступления ведущих лидеров оппозиции. В Пешаваре, Исламабаде и Кветте неоднократно организовывались крупные пресс-конференции и митинги с участием зарубежных журналистов. При штаб-квартирах мятежников продолжали действовать издательства, выпускающие агитационно-пропагандистскую литературу, которая впоследствии перебрасывалась в Афганистан.
Не прекратилась засылка на его территорию иностранных советников и специалистов для оказания помощи вооруженным отрядам мятежников. Например, отмечалось, что в провинциях Бамиан, Вардак, Урузган и Газни активно действовали арабские советники, в провинциях Кунар, Нангархар, Пактия и Пактика — пакистанские военные специалисты. Наиболее весомую материальную, финансовую и советническую помощь мятежникам на территории Пакистана в это время оказывали Саудовская Аравия и США.
Материальная и финансовая помощь США предоставлялась не только ИПА (Г. Хекматияр), но и другим партиям, входящим в «семерку». Подтверждением этому может служить тот факт, что во время нахождения делегации оппозиции в Вашингтоне (6—10 ноября 1988 года) президент США Д. Буш заверил их, что «Альянс семи» может полагаться на новую администрацию США даже больше, чем на Р. Рейгана.
Американские спецслужбы, обосновавшиеся в Пакистане, перешли к организации непосредственного руководства вооруженной оппозицией, для чего в Пешаваре было создано специальное представительство по связям с «движением афганского сопротивления» во главе с помощником посла США в Исламабаде Эдмондом Маквильямсом (бывшим первым секретарем посольства США в Кабуле, с которым лично знаком: скажу откровенно — довольно неприятная фигура). По докладам представителей советской военной разведки, появление специальных групп, возглавляемых эмиссарами этого представительства, в сентябре— октябре 1988 года было отмечено в провинциях Бадахшан, Парван, Каписа, Тахар, Кандагар и Гильменд.