Е. Ф. Керн участвовал в Русско–шведской войне 1808– 1809 годов. 4 декабря 1808 года из–за ранений и расстроенного здоровья он вышел в отставку с правом ношения мундира и полным пенсионом. Однако в марте 1811 года он возвратился в армию и был назначен сначала командиром 48–го егерского, а затем Белозерского пехотного полка.
Когда началась Отечественная война 1812 года, Керн сначала со своим полком в составе 17–й пехотной дивизии З. Д. Олсуфьева, а затем во главе 2–й бригады 1–й Западной армии М. Б. Барклая–де–Толли находился в арьергарде, прикрывая отступающие войска, вступая в непосредственное соприкосновение с противником и уничтожал за собою мосты. Он участвовал в боевых действиях под Смоленском и на Бородинском поле, где защищал Утицкий курган и лично водил полк в штыковые атаки. «Славно, Керн! – сказал ему тогда генерал П. П. Коновницын. – Будь в моей воле, я снял бы с шеи моей Георгиевский крест и надел его на те бя». За Бородино Ермолай Фёдорович получил чин полковника. Он участвовал в Тарутинском сражении, отличился при штурме Вязьмы, за что 18 июля 1813 года был произведён в генерал–майоры. В сражении под Красным 6 ноября его подразделение захватило казну французского корпуса. Главнокомандующий М. И. Кутузов лично поблагодарил Керна за такую добычу и представил к ордену, а после изгнания французов из России рекомендовал его в Вильно императору Александру I как одного из лучших офицеров.
Во время Заграничного похода русской армии 1813—1814 годов Ермолай Фёдорович являлся комендантом немецкого города Мейсена, блестяще проявил себя в сражении под Ба–уценом, участвовал в Битве народов под Лейпцигом, был военным губернатором Касселя. С января 1814 года он командовал 3–й бригадой 17–й пехотной дивизии Олсуфьева, участвовал в блокаде Майнца, взятии Суассона и Парижа. За французскую кампанию он получил несколько ранений и контузию.
Храбрость и военные таланты Керна были отмечены семью боевыми орденами: российскими Святой Анны 1–й степени, Святого Владимира 3–й степени, Святого Георгия 4–й степени (18 марта 1814 года), прусскими Красного Орла 2–го класса и «За заслуги», шведским Меча 3–й степени, золотым знаком за штурм Праги, а также серебряными медалями в память взятия Очакова и Измаила, войны 1812 года и покорения Парижа.
Вскоре после окончания боевых действий и возвращения в Россию с 5 мая 1816 года Ермолай Фёдорович получил под командование 15–ю пехотную дивизию.
В биографии Е. Ф. Керна указывается, что первым браком он сочетался с дочерью витебского помещика Севери–нова, и их сыну Александру в 1817 году было шесть лет. В метрической книге церкви Вознесения, что в Адмиралтейских слободах Санкт–Петербурга (запись № 352 от 1810 года), записано о рождении 3 декабря у «отставного полковника Ермолая Фёдорова сына Керн»