Почуяв неладное, Григорий предложил на сходе пять тысяч рублей на постройку храма, но припоздал. 6 сентября 1907 года против него начато «Дело Тобольской консистории по обвинению крестьянина слободы Покровской Тюменского уезда Григория Ефимовича Распутина-Новаго. в распространении им лжеучения, подобно хлыстовскому, и образованию последователей своего учения.».
Фамилией Новый, или Новых, наделил его сам государь, лично попросив Бенкендорфа ускорить все формальности по изменению фамилии для своего «крестника». Вообще вокруг царской семьи и Распутина много мистики, царь, наделив его новой фамилией, становится действительно «крестным», а позже разделяет судьбу Григория, у них как бы общий крест судьбы. Впрочем, все это общеизвестно.
Во время следствия Григорию припомнили все: и ночные моления, и совместные с дамами хождения в баню. В кучу свалили правду и вымысел. Разбираться во всем этом не хочется. Все, прямо или косвенно замешанные в этом деле, старательно выгораживают Распутина, да, собственно, не Распутина они отбеливают, а себя оправдывают. Местные крестьяне тоже не хотят ввязываться в эту историю, и показания их в большинстве нейтральны: молится, никого не обижает, ничего не видели, ничего не знаем.
Конечно, много темного в деле Распутина, и обвинения его в хлыстовстве какую-то почву под собой имеют – многое в его учениях, в поведении, в терминах удивительно вписывается в хлыстовские привычки и обряды. Но все же доказать что-то трудно, при этом и отрицать не менее сложно.
Следствие приходит к выводу о виновности Григория Ефимовича. Это становится достоянием ушлых журналистов, и о хлыстовстве Распутина стало известно всей России, как о чем-то уже доказанном. Но случилось неожиданное. Новый Тобольский епископ назначает доследование, берет его под свой личный контроль и дает такое заключение в консисторию: «Из всего вышеуказанного преосвященный Алексий вынес впечатление, что дело о принадлежности крестьянина Григория Распутина-Нового к секте хлыстов возбуждено в свое время без достаточных к тому оснований, и со своей стороны считает крестьянина Григория Нового православным христианином, человеком очень умным, духовно настроенным, ищущим правды Христовой, могущим подавать при случае добрый совет тому, кто в нем нуждается». Дело было прекращено 29 ноября 1912 года.
Правда, вскоре епископ Алексий, против своей воли переведенный в Тобольск из Крыма, был назначен в Грузию на теплое во всех отношениях место. Естественно, он знал, кого ему за это благодарить. Впрочем, он уже отблагодарил.