Также Брюс увлекается медициной и оказывает помощь окрестным жителям, составляя лекарства из трав. Это породило новые слухи о том, что «он знал все травы, этакие тайные, и камни чудесные, составы разные из них делал, воду даже живую произвел, то есть такую воду, что мертвого человека живым и молодым делает». Легенды о живой воде, якобы созданной Брюсом («должно быть, не своей силой произвел!» – делали большие глаза рассказчики) обрастали столь яркими подробностями, что характеризовали скорее не Брюса, а рассказчиков. В вариациях на тему живой воды и проб Брюса ее чудодейственной силы над самим собой присутствуют то царь Петр и турецкий раб Брюса, то его же старик-слуга, омоложенный хозяином, и Брюсова жена. Заканчиваются эти рассказы тоже по-разному: иной раз не удается Брюсу ожить, то по воле царя, то по неосторожности жены. Интересно, что еще в конце 1830-х годов в Жиздринском уезде Калужской губернии, в селе Чернышине, некогда принадлежавшем Брюсу, жил столетний камергер прежних владельцев имения. И местные жители, передавая друг другу легенду о живой и мертвой воде, созданной Брюсом, и о его экспериментах над самим собой, указывали на старика-камердинера, как на того самого человека, который вспрыскивал водой изрубленного им же Брюса.
Научные эксперименты и инженерные открытия графа порождали у местных жителей суеверный ужас, закрепивший за Брюсом славу колдуна. Стали рассказывать про дракона, влетающего по ночам в окна обсерватории, о том, что сам Брюс может летать, надев на руки огромные крылья, о горничной из цветов, о чарами замороженном летом пруде, на котором можно кататься на коньках… Да мало ли волшебных сказок может придумать русский народ, дай ему для этого повод? Но что характерно, хоть и подозревали Брюса в связях с нечистой силой, однако во всех рассказах он выступает в роли скорее доброго и чудаковатого волшебника, чем злого колдуна.
В Глинках Брюс прожил около десяти лет, очень уединенно, якобы под охраной взвода солдат (приводятся даже оценки военных историков, по которым численность взвода составляла не менее тридцати человек). Умирал он в одиночестве: его дочери не пережили младенческий возраст, а жену он похоронил 30 апреля 1728 года.
Брюс скончался в апреле 1735 года, немного не дожив до 66 лет. Был погребен в Немецкой слободе, в старой лютеранской кирхе (ныне улица Радио в Москве). Усадьба Глинки будет во владении Брюсов до 1815 года, в 1757 же году в конце парка наследники построят церковь и фамильную усыпальницу Брюсов.
Так закончился земной путь Якова Брюса, и продолжилась жизнь легендарная. Поводов к тому Брюс подал предостаточно. Взять хотя бы книги, которые нашли чиновники, составлявшие опись кабинета Брюса. Среди них были: «Философия мистика» на немецком языке, «Небо новое» на русском языке, загадочная книга, состоявшая из семи деревянных дощечек с вырезанным на них непонятным текстом, и еще много книг по магии и астрологии, не считая других – полторы тысячи томов по математике, физике, химии, астрономии, военному делу, архитектуре, медицине, истории, богословию, искусству и художественной литературы. Однако магической Брюсовой книги, писанной волшебными знаками, дающей власть над миром и принадлежавшей некогда чуть ли не премудрому царю Соломону, так и не нашли. И еще больше уверились, что Брюс перед смертью замуровал ее в Сухаревой башне. О том, насколько стойкими и убедительными были эти легенды, свидетельствует то, с какой скрупулезной тщательностью разбирала новая власть Сухареву башню в 1934 году. Именно разбирала: она не была взорвана или просто разрушена, как огромное количество «ненужных» и «неудобных» зданий в Москве, коими были, прежде всего, церкви. Когда предлог сноса был найден: башня мешает транспортному движению, никакие доводы авторитетных специалистов значения уже не имели. Резолюция Сталина была безапелляционной: «Мы изучили вопрос о Сухаревой башне и пришли к тому, что ее надо обязательно снести. <.> Архитекторы, возражающие против сноса – слепы и бесперспективны».