Вместе с тем указанный перечень не является унифицированным, и на практике зачастую проявляется значительное несоответствие наименований структурных подразделений, их места в организационной структуре и исполняемых функций.
В современных условиях, когда эффективность деятельности органов местного самоуправления напрямую зависит от способности к стратегическому планированию, ориентации на цели и задачи социально-экономического развития муниципального образования, существующие линейно-функциональные организационные структуры оказываются недостаточно гибкими и не успевают адаптироваться к изменениям внешней среды, объекта управления, потребностей граждан.
Требования повсеместного внедрения программно-целевых методов управления обусловливают необходимость формирования новых – проектных (программно-целевых) структур, основанных на широком межведомственном взаимодействии с привлечением отдельных структурных подразделений в качестве главных исполнителей конкретной задачи на определенный период времени.
При таком подходе для решения приоритетных вопросов развития муниципального образования разрабатываются целевые программы, представляющие собой систему мероприятий, увязанную по ресурсам и времени. Для реализации программы предусматривается выделение необходимых ресурсов и формирование временного коллектива работников, которые на период действия программы находятся в некоторой степени в двойном подчинении: своему непосредственному руководителю и ответственному исполнителю программы. Как правило, проектные структуры образуются в администрациях в виде комиссий рабочих групп.
Использование программно-целевых методов в построении организационной структуры администрации требует проведения сложной работы по регламентации деятельности структурных подразделений. Помимо проведения анализа распределения функций внутри администрации и пересмотра существующих положений о структурных подразделениях, необходимо описать и утвердить в регламенте администрации систему взаимодействия между структурными подразделениями, порядок прохождения управленческих решений и основные административные процессы (цепочки функций, осуществляемых различными структурными подразделениями во взаимодействии, приводящие к решению поставленных задач).
При реорганизации существующих организационных структур местных администраций следует иметь в виду, что любые действия, направленные на организационные изменения, неизменно наталкиваются на сопротивление самой организации как социальной системы, ориентированной не на развитие, а на стабильность и выживание. Поэтому попытки радикального совершенствования организационной структуры не только не достигнут желаемых результатов повышения эффективности деятельности, но и способны повлечь разрушительные последствия. Залогом успеха в организационных изменениях является комплексный научный подход, основанный на соотнесении издержек и результатов, в совокупности с подробным изучением системы «изнутри».