Федеральные органы исполнительной власти имеют право формировать территориальные органы. Правила их организации и деятельности отражены в Типовом регламенте внутренней организации федеральных органов исполнительной власти, утвержденном постановлением Правительства РФ от 28 июля 2005 г. № 452. Такие органы образуются для осуществления полномочий федерального органа исполнительной власти на определенной территории в соответствии с единой схемой их размещения, на основании приказа федерального органа исполнительной власти. Схема размещения подготавливается федеральным органом исполнительной власти и вносится его руководителем в Правительство РФ или соответствующее федеральное министерство. Схема сопровождается пояснительной запиской с указанием цели, задач и видов образуемых территориальных органов; сведений о территориях их деятельности; финансово-экономического обоснования. В зависимости от того, в чьем ведении находятся федеральные органы исполнительной власти, схема размещения их территориальных органов утверждается Правительством РФ, приказом федерального министерства.
Положения о территориальных органах утверждаются руководителями соответствующих федеральных служб и агентств, в них отражены правила осуществления распорядительных, разрешительных, контрольно-надзорных полномочий, мер государственного принуждения; реализации федеральных целевых программ, планов и иных мероприятий; взаимодействия с органами исполнительной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления, иными территориальными органами и полномочными представителями Президента РФ в федеральных округах; осуществления полномочий руководителя территориального органа. Деятельность территориального органа организует его руководитель, несущий персональную ответственность за реализацию возложенных на орган функций. Как правило, статус территориальных органов – Управление (например, Управление федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Саратовской области; Управление государственной службы занятости населения по Саратовской области и т. д).