Изменению организации исполнительной власти был посвящен первый этап административной реформы, связанный с разграничением полномочий министерств, служб и агентств.
Структура и система исполнительной власти должна обеспечивать: 1) специализацию органов исполнительной власти; 2) организационное обособление функций, выполнение которых создает конфликт интересов; 3) внутреннюю управляемость исполнительной власти; 4) оперативную разработку и согласование политики между органами исполнительной власти.
Этим требованиям отвечает трехуровневая система исполнительной власти. Трехуровневая система органов исполнительной власти была закреплена Указом Президента РФ от 9 марта 2004 г.
№ 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти».
Она состоит из органов исполнительной власти разной специализации с организационным обособлением правоустанавливающих, правоприменительных (контрольно-надзорных) функций, оказания государственных услуг и управления государственным имуществом: федеральных министерств, федеральных служб и федеральных агентств.
Федеральные министерства разрабатывают политику в определенной сфере государственного регулирования (концепции, программы, федеральные целевые программы, бюджет), разрабатывают и принимают нормативные правовые акты, а также осуществляют международное сотрудничество (переговоры, международные договоры и соглашения). Они не должны обладать контрольно-надзорными полномочиями (проведение проверок, наложение взысканий, выдача лицензий, разрешений, квотирование и т. п.) в отношении граждан и организаций, а также выполнять функции оказания государственных услуг и управления имуществом (управление подведомственными организациями, представление интересов государства в акционерных обществах с участием государства и др.). Процесс выработки политики, таким образом, отделяется от процесса исполнения политики.
Федеральные службы осуществляют контрольно-надзорные или правоохранительные функции и не должны обладать полномочиями по подготовке и принятию нормативных правовых актов, управлению государственным имуществом. Их предназначение – реализация политики, разработанной федеральными министерствами и одобренной Правительством РФ, пресечение нарушения законодательства, обеспечение безопасности в определенной сфере общественных отношений.
Федеральные агентства специализированы на выполнении функций управления государственным имуществом, реализации государственных программ и оказании государственных услуг. Они не могут обладать контрольно-надзорными полномочиями и правом разработки и принятия нормативных правовых актов.