Такая функциональная специализация исключает конфликт интересов между функциями выработки политики, исполнением политики и контролем за исполнением политики.
При такой модели организации исполнительной власти количество министерств значительно сокращается, федеральные службы укрупняются (увязываются с объектом и предметом контроля), количество агентств, напротив, возрастает.
Управляемость функционально специализированной системы исполнительной власти достигается, с одной стороны, четким разграничением компетенции органов исполнительной власти, относительной их автономностью, с другой – соподчинением между органами исполнительной власти. Федеральные службы, за исключением подведомственных Президенту РФ, и федеральные агентства по ряду вопросов подчинены федеральным министерствам.
Изменения системы и структуры исполнительных органов власти сконцентрированы в основном на распределении полномочий по горизонтали между новыми типами органов. Большинство федеральных агентств и служб были переданы в ведение соответствующих министерств, но не были четко определены отношения между ними, что привело к распространению неформальных административных взаимодействий – устных распоряжений, личных договоренностей. Соответственно, и в настоящее время, после утверждения новой структуры ведомств на федеральном уровне исполнительной власти России продолжаются процессы формирования характера и содержания административных межведомственных отношений.