В то же время стадии практической реализации достигла лишь относительно небольшая часть вопросов административной реформы, касающаяся в основном реорганизации федеральных органов исполнительной власти. Мероприятия по продолжению административной реформы носят инерционный характер и направлены преимущественно на завершение формирования федеральных органов исполнительной власти в их новой конфигурации.
По ряду приоритетных направлений административной реформы работы не начаты или приостановлены. Прежде всего это касается механизмов реализации полномочий органов исполнительной власти для их работы в новых условиях. В частности, не разработаны и не реализованы механизмы осуществления контроля и надзора, противодействия коррупции, взаимодействия между государством и структурами гражданского общества, досудебного обжалования решений и действий государственных органов и должностных лиц. Отсутствует необходимая координация деятельности федеральных органов исполнительной власти по внедрению систем информационно-технологического обеспечения административных процессов.
Кроме того, реформа в основном затронула федеральный уровень исполнительной власти. На региональном уровне административная реформа реализуется лишь в немногих экспериментах.
Новые механизмы функционирования и взаимодействий не могут быть созданы самими органами исполнительной власти в рамках сложившихся моделей деятельности. Для их создания требуется комплексный проектный подход, реализуемый в рамках федеральной целевой программы.
Распоряжением Правительства РФ от 25 октября 2005 г. № 1789-р была одобрена Концепция административной реформы в Российской Федерации в 2006—2008 гг. и план мероприятий по проведению административной реформы в Российской Федерации в 2006—2008 гг. Этим же распоряжением Правительства РФ органам исполнительной власти субъектов РФ рекомендовано подготовить собственные программы и планы мероприятий по проведению административной реформы.
Необходимость реализации комплексной программы обусловлена следующими фактами.
По свидетельству международных экспертов, по эффективности государственного управления и качеству публичных услуг Российская Федерация находится на одном уровне со странами, намного уступающими ей в экономическом развитии. А по ряду интегральных показателей, используемых в международной практике, Россия значительно уступает не только развитым странам, но и большинству стран Восточной Европы. В частности, в рейтинге международной конкурентоспособности Всемирного экономического форума за последний год Российская Федерация по показателю «качество государственных институтов» опустилась с 81 на 89 место. Согласно индексу GRICS (Governance Research Indicator Country Snapshot), который определяется один раз в два года Всемирным Банком и оценивает эффективность государственного управления в 209 странах, Россия по таким показателям, как эффективность работы правительства, качество законодательства, верховенство закона и контроль за коррупцией, находится в нижней части рейтинга. По индексу восприятия коррупции, рассчитываемому международной организацией «Транспэренси Интернэшнл», в 2004 г. Россия среди 146 стран занимала 90 место.