Постепенно воронка эта начала заполняться застывшей вулканической лавой, маленькие островки слились воедино, и так образовался большой остров Тира (Санторин). Ученые предполагают, что всю внутреннюю часть острова занимал вулканический конус и около 3500 лет назад здесь последовало новое катастрофическое извержение вулкана.
Проснувшиеся вулканы вначале не сулили жителям острова ничего страшного, потому что интенсивность извержения возрастала постепенно. Но потом вырвавшаяся из вулканов магма заполнила поверхность острова, в середине его образовался провал, куда хлынули морские воды. Однако, достигнув дна пропасти, поток устремился вспять и породил волны-цунами чудовищных размеров – до ста метров, которые разрушили города и селения на островах и материка. Одновременно выпало огромное количество раскаленного пепла (температура его достигала 500°C), который разлетелся по площади около двухсот тысяч квадратных километров.
Извержение вулканов Санторина продолжалось, может быть, не одно десятилетие. В ходе раскопок в гавани Акротири был обнаружен уничтоженный землетрясением город. По данным ученых, площадь его составляла полтора квадратных километра. Но никаких жертв найдено не было! Это обстоятельство дало ученым возможность выдвинуть предположение, что была не одна катастрофа. В первой ее фазе (около 1550 года до н. э.) город подвергся сильным разрушениям. Сколько жертв на совести этого извержения – неизвестно. После этого жители покинули город, и во второй фазе (около 1500—1450 годов до н. э.) он был уже опустевшим. Его засыпало пеплом при извержении вулкана, который после этого и сам прекратил свое существование. Но оставленные им вулканические выбросы и сегодня покрывают остров на высоту 30—35 метров (высота десятиэтажного дома). А в некоторых местах достигают и сотни метров.
Все море вокруг острова во время извержения и после него покрывала пемза. Наверное, именно это и имел в виду жрец Саиса, когда отмечал, что «после этого море в тех местах стало несудоходным». Даже в наше время залежи пемзы находят на весьма значительном расстоянии от Санторина – в Малой Азии, на Крите и других островах. Энергия вулканического взрыва, по подсчетам греческого ученого А. Галанопулоса, в 350 раз превышала энергию взрыва атомной бомбы, сброшенной на Хиросиму.
Ученые предполагают (вернее, предполагали до 1976 года), что чудовищное по силе извержение санторинского вулкана уничтожило цветущую минойскую цивилизацию. Еще задолго до греков у минойцев были развиты кузнечное ремесло и плавка металлов, причем они широко использовали металлы не только в искусстве, но и в быту. При археологических раскопках на Крите в гробницах было обнаружено множество изделий из металлов: кубки, мечи, маски и т. д. Можно предположить, что и знаменитое «микенское золото» попало к грекам после гибели минойских городов.