Прокурор не связан в процессе ни своей позицией при предъявлении иска, ни интересами лица, права и свободы которого нарушены. Руководствуясь только законом и приходя к выводу, что требования, предъявленные им, незаконны или необоснованы, он не только вправе, но и обязан как блюститель законности отказаться от иска полностью или в необоснованной его части. Однако такой отказ не лишает заинтересованное лицо права настаивать на рассмотрении дела по существу ; дело может быть прекращено только с его согласия (ч. III ст. 41 ГПК). Более сложной является ситуация, когда прокурор предъявляет иск в защиту права свобод определенного лица, а оно отказывается вступить в процесс в качестве истца, либо настаивает на прекращении дела, хотя прокурор с этим не согласен. В некоторых случаях процесс в этой ситуации должен быть продолжен, а лицо, в интересах которого иск был первоначально предъявлен прокурором, может быть привлечено в процесс в качестве соответчика (например, по иску о признании брака недействительным или о признании сделки недействительной ст. 28 СК, ст. 168, 169 ГК РФ)
В большинстве же случаев, когда иск предъявлен прокурором в интересах гражданина, который по состоянию здоровья, возрасту или иным причинам не может лично отстаивать свои права и свободы, и дело само по себе не имеет публичного значения или большого общественного интереса, оно должно быть прекращено судом, если заинтересованное лицо, отказываясь от иска, свободно в выражении своей воли и понимает значение своих действий (прокурор и суд должны убедиться в этом). Противоположное решение данной коллизии интересов противоречило бы принципу диспозитивности, гласящему, что «никто не может быть принужден к предъявлению иска против своей воли» — nemo invitus agire cogitur. Прокурор, возбуждая такого рода дела, должен заручиться согласием на это заинтересованного лица.
На прокурора, предъявившего иск, возложено законом бремя утверждения и бремя доказывания (ст. 50 ГПК), поэтому перед предъявлением исков в порядке общенадзорной проверки прокурор должен собрать необходимый доказательственный материал, проанализировать факты дела, устанавливаемые этими доказательствами, дав им правильную правовую оценку. Прокурор обязан доказать свои требования и возражения на доводы ответчика. Возбуждая дело, прокурор дает объяснения по делу и участвует в прениях первым. Заинтересованное лицо — истец по делу — выступает в них после прокурора. Стороны вправе задавать прокурору, предъявившему иск, вопросы в ходе дачи им объяснений по делу. Вместе с тем к прокурору не может быть предъявлен встречный иск, он предъявляется к истцу по делу. Прокурор может отказаться от иска в случае его правовой или фактической необоснованности, но он не вправе закончить дело мировым соглашением. Вне зависимости от того, кем возбуждено дело, прокурор выступает с заключением о законности заявленных требований по окончании прений (ст. 187 ГПК). На прокурора, возбудившего дело, не будет распространяться законная сила судебного решения.