Завершалась хвостовая часть фюзеляжа подвижной кормовой пушечной установкой Ил-К10, дистанционно управляемой из кабины стрелка. Она была предназначена для защиты задней полусферы самолета от атак воздушного противника и для поражения наземных целей после выхода штурмовика из атаки. Установка имела одну пушку НР-23 с боезапасом 200 снарядов, которая с помощью электрогидравлического следящего привода могла отклоняться на 55° вверх, 40° вниз и на 60° вправо и влево. Максимальные угловые скорости вращения оружия составляли 42 град./сек (по горизонтали) и 38 град/ сек (по вертикали). Носовая и кормовая пушечные установки создавались в подразделении В.А.Федорова. Техническую документацию на дистанционное управление кормовой установкой выпускал А.П. Журавленке Трапециевидное в плане крыло площадью 52,3 м2 имело аэродинамическую компоновку из профилей ЦАГИ: CP-10с-12 с относительной толщиной 18,44% у корня и CP-11-12 с относительной толщиной 12,86% на конце.
Оно состояло из центроплана, неразъемно соединенного с бронекорпусом, и двух отъемных частей. На центроплане имелся отклоняемый посадочный щиток, а на отъемных частях устанавливались выдвижные закрылки типа ЦАГИ. Конструкция крыла и взлетно-посадочной механизации разрабатывалась под руководством Е.И.Санкова.
Большая относительная толщина крыла позволила не только убрать туда главные ноги шасси, но и создать там четыре небольших бомбоотсека - для внутренней подвески в каждом бомб массой до 100 кг. Кроме того, под центропланом и отъемными частями крыла устанавливались четыре балочных держателя, на которые могли подвешиваться или две бомбы массой до 500 кг, или реактивные орудия типа ОРО с неуправляемыми снарядами ТРС-132 и ТРС-82, или подвесные топливные баки на держателях под центропланом общей емкостью 1100 литров.
Нормальная бомбовая нагрузка Ил-40 в соответствии с постановлением правительства и ТТТ заказчика равнялась 400 кг, а в перегрузочном варианте самолет мог нести 1000 кг бомб. Имелась возможность в счет перегрузки установить реактивные орудия с восемью ТРС-132 и двенадцатью ТРС-82. Над бомбовым вооружением работали специалисты под руководством Д.И.Коклина.
Стабилизатор и киль самолета - двухлонжеронные, рули имели весовую балансировку и осевую аэродинамическую компенсацию, а также триммеры. Ведущим конструктором оперения был Н.И.Максимов.
Управление рулями высоты и поворота выполнялось жестким, из трубчатых тяг, дублированным на всем протяжении - от кабины до качалок в хвостовой части фюзеляжа. Проводка к элеронам была смешанной и состояла из тросов в бронекорпусе и трубчатых тяг в крыле. В систему управления элеронами и рулем поворота включались обратимые гидроусилители (бустеры), располагавшиеся в бронекорпусе.