Естественные преграды оказались гораздо более эффективными. Протестантские доктрины пока в основном не имели успеха у населения земель за Альпами или за Пиренеями и, конечно, у венецианцев, которые никогда не нуждались в Лютере в качестве защиты от папских притязаний и по большей части не проявляли особого интереса к затронутым теологическим разногласиям. Однако папу Павла III это не убедило. Как все римляне того времени, он испытывал к Венеции глубокое недоверие; он знал, что в Виченце, которая была под властью Венеции, есть небольшая, но активная протестантская община; также его тревожили некоторые германские студенты в университете Падуи, которые, как он думал, способны распространять еретическую заразу всегда и везде, где только можно. Также он не забывал, что Венеция все еще являлась одним из главных центров печатного дела и книжного производства во всем христианском мире и, таким образом, однозначно могла смущать — по своему желанию или по какой-нибудь другой причине — умы верующих.
Его подозрения были не вполне обоснованны. Венецианцы достаточно часто скрещивали мечи с папством по политическим причинам, и они никогда не допускали, чтобы религия главенствовала в их делах. Тем не менее они были добрыми католиками согласно своим принципам и были полностью готовы принять те активные меры против лютеранства, какие сочли бы нужными, так же как прежде они поступали с другими ересями. Однако венецианцы не выносили жестоких и разнузданных преследований. Уже в 1298 году, когда они впервые приняли представителя Святой инквизиции на венецианской территории, это было сделано только исходя из понимания, что он является скорее должностным лицом, в чьи обязанности входит расследование и изучение, чем судьей, который выносит приговор, и результаты его расследования всегда должны быть предметом для решений светской власти. Этого принципа венецианцы продолжали придерживаться вопреки усиливающемуся давлению папы, твердо отвергая все предложения, что подозреваемых еретиков следует отправлять в Рим для суда или наказания. Если такие люди были обнаружены на венецианской земле, их дела должны были разбираться в Венеции и судить их должны были венецианские судьи; так, и только так можно было гарантировать правосудие.
Вряд ли нужно говорить, что тем более не шло и речи о том, чтобы республика позволила втянуть себя в религиозную войну, так же как и в политическую. Когда в декабре 1545 года состоялся Тридентский собор, имевший целью определить политику Римской церкви по отношению к Реформации, Венеция, как и многие другие государства Европы, отправила посланцев, чтобы сообщать о его работе, но во всем остальном активного участия не принимала. Когда же последовала война и папа добивался, чтобы республика вступила в лигу, объединившую папу и императора против протестантских государств Германии, Венеция категорически отказалась и, более того, препятствовала этой лиге как только могла. Просьбы разорвать отношения с протестантами также встретили отказ «не по религиозным причинам, но из государственных соображений», так как, утверждали венецианцы, протестанты действовали «больше в интересах личной свободы, чем религии».