Резко возросла осуществляемая с использованием вооруженного насилия противоправная деятельность националистических, сепаратистских организаций как внутри страны, так и за рубежом, направленная на дестабилизацию внутренней обстановки в России и странах СНГ, нарушение их территориальной целостности.
Государственное устройство Советского Союза, во главу угла которого были положены принципы, основанные на ленинской национальной теории, оказалось несостоятельным. Это, пожалуй, основная причина распада СССР. Российское государство тоже во многом сохраняет эти принципы, хотя и наполненные новым содержанием, поэтому многие эксперты и аналитики признают, что России, по всей видимости, и в дальнейшем не удастся избежать серьезных коллизий на национальной почве. Российская Федерация — это сложное многонациональное государственное образование, вобравшее в себя более 20 мелких национально-государственных образований, свыше 100 наций и народностей. В таком многоликом сообществе крайне сложно добиться единства действий без продуманной национальной политики, которая в России до настоящего времени еще не выработана.
Многие конфликты происходят и на религиозной почве, принимают форму религиозного противоборства, религиозной экспансии. Особенно отчетливо проявляет себя исламский фундаментализм с присущими ему экстремизмом и агрессивностью, что умело используется как внутренними, так и внешними силами для разжигания религиозной вражды внутри Российской Федерации. Опасность этого, как свидетельствует опыт югославской драмы, нельзя не учитывать. Особую угрозу представляют действия воинствующих исламских экстремистов в Средней Азии.
Нельзя исключить и того, что исламский фактор может коснуться и самой России, которая вряд ли сможет отгородиться от надвигающейся «священной войны», если будет пассивно созерцать действия воинствующих фундаменталистов в Средней Азии.
Действительно, если раньше заявления афганских воинствующих фундаменталистов об их намерениях перенести «священный джихад» на территорию бывших советских республик Средней Азии и оказать помощь своим мусульманским братьям в борьбе с «неверными» за освобождение исламских святынь в Самарканде, Бухаре и установление законов шариата всерьез никем не воспринимались, то после распада СССР и образования ряда суверенных среднеазиатских государств они стали реальностью. Причем дестабилизирующее влияние на них Афганистана усиливается, вовлекая в свою орбиту все новые и новые регионы, принимая характер угрозы суверенитету этих государств, прежде всего Таджикистана и Узбекистана. Спецслужбы России располагают информацией, что объединенные силы афганских моджахедов и боевиков таджикской оппозиции стремятся создать фарсиязычное исламское государство с включением в него всех территорий, населенных таджиками.