Глубина Яванской впадины около 7000, достигая в самых глубоких местах 7500 метров. Ложе океана в районе впадины имеет глубину около 4000–5000 метров, так что дно желоба углублено на 2000–3000 метров. Ширина желоба, как и всех других глубоководных впадин, очень невелика, всего несколько миль.
Своими работами в Тихом океане «Витязь» внес огромный вклад в дело изучения глубоководных впадин, пожалуй больший, чем какое-либо другое экспедиционное судно. Экспедиции «Витязя» подробнейшим образом исследовали Курило-Камчатскую впадину и целый ряд других впадин Тихого океана — Марианскую, Алеутскую, Тонга, Кермадек и др. В Марианской впадине «Витязь» обнаружил глубину в 11 035 метров, которая была наибольшей известной глубиной Мирового океана до 23 января 1960 года, когда Жак Пикар (сын известного профессора А. Пикара, стратонавта и создателя глубоководного корабля — батискафа) опустился в Марианской впадине на батискафе на глубину 11 529 метров.
До нас Яванскую впадину изучали шведская экспедиция на судне «Альбатрос» и особенно датская экспедиция на «Галатее».
В районе Яванской впадины «Витязь» сделал пять поперечных разрезов, спускаясь на юг до 16° южной широты и подымаясь на север до берегов Явы. Работали все отряды — геологи, гидрологи, биологи, химики.
Гидрологи занимались изучением глубинных течений. В нескольких пунктах, выбор которых был предметом оживленных дебатов на Совете экспедиции, корабль становился на длинную, двух- и даже трехсуточную якорную буйковую станцию. Буй, собранный из дисков очень легкого синтетического материала пенопласта, снабженный длинным шестом с уголковым отражателем[10] и штоком, противовесом для остойчивости, устанавливался на якорь. К якорному тросу — буйрепу — подвешивались самописцы течений, на соответствующих горизонтах — 1000, 700, 400 метров и ближе к поверхности. Скорость и направление течений в глубинных горизонтах изучались при помощи печатающего самописца течений — БПВ конструкции Ю. К. Алексеева, в более поверхностных горизонтах — самописцем течений «Океан».
На вершине шеста закреплялась электрическая сигнальная лампа, облегчающая нахождение буя в темное время. На шесте, кроме того, были укреплены рация и батарея питания. Рация иногда выходила из строя, но радар оказывал незаменимую помощь, когда приходилось разыскивать буй. Пока буй стоял на якоре, судно вело свои работы, дрейфовало, и корабль относило иногда на несколько миль от буя. Дрейф корабля учитывался, и время от времени судно возвращалось к бую.
Постановка и выбирание длинного буя, укрепление тяжелых приборов — вся эта операция требовала участия всего отряда гидрологов и координированной работы вахтенного штурмана на мостике, людей на палубе, машиниста у лебедки. Первые постановки буя проходили несколько неорганизованно, но скоро вся техника отработалась и «операция буй» проходила удивительно четко, быстро и слаженно. Ведущей фигурой во всем предприятии был наш боцман, который ловко заарканивал проплывающий мимо корабля шест буя, подтягивал его к борту, в мгновение ока зацеплял петлю за гак, и вот уже лебедка выбирает из воды длинное многометровое сооружение буя.