2 июня подразделениями правительственных войск была проведена «чистка» горных районов и населенных пунктов в провинциях Пактика и Газни. Ударами с вертолетов было рассеяно скопление мятежников в районе Гардандеваль, провинция Логар. В провинции Нангархар вооруженные отряды оппозиции попытались захватить населенный пункт Хадахель. Нападение было отбито.
5 июня отряды мятежников в провинции Бамиан начали отходить на запад. Юго-западнее Гардеза 59-й пехотный полк правительственных войск подвергся внезапному нападению моджахедов. До двух батальонов полка было рассеяно. Скопление сил оппозиции зафиксировано в провинциях Герат и Нимроз.
6 июня напряженное положение продолжает сохраняться в Пактии, где отмечена концентрация и активизация действий отрядов мятежных племен джадран и мангал.
На основании устных указаний министра обороны Маршала Советского Союза Д. Ф. Устинова в декабре было отдано более тридцати различных директив, в соответствии с которыми на территории Среднеазиатского и Туркестанского военных округов было развернуто и доукомплектовано около ста соединений, частей и учреждений. Были развернуты управление 40-й армии, три мотострелковые дивизии, десантно-штурмовая бригада, отдельный мотострелковый полк, артиллерийская и зенитно-ракетная бригады, а также несколько частей различных родов войск и службы тыла. Для доукомплектования развертываемых войск было призвано из запаса более пятидесяти тысяч офицеров, сержантов и солдат. Предприятиями народного хозяйства для нужд армии было подано около восьми тысяч автомобилей.
Для обоих военных округов это было самое крупное мобилизационное развертывание за последние полвека. В войсках и военных комиссариатах были уверены в том, что идет обычная инспекторская проверка. Лишь 24 декабря на совещании руководящего состава Министерства обороны СССР было объявлено о принятии советским руководством решения о вводе войск в Афганистан.
К этому сроку основные силы развернутой 40-й армии уже были готовы к выполнению задач. На совещании были определены соединения и части, которым на следующий день предстояло пересечь государственную границу. Директивой министра обороны войскам были поставлены задачи на совершение марша и размещение на территории Афганистана. Было определено и точное время перехода границы — 15:00 25 декабря 1979 года.
Советский посол в Кабуле заранее поставил X. Амина в известность о том, что советское руководство приняло решение оказать помощь дружественному Афганистану. На основании этого сообщения X. Амин дал указания генеральному штабу вооруженных сил Афганистана всячески содействовать советским войскам. Утром 25 декабря командующий 40-й армией генерал-лейтенант Ю. В. Тухаринов провел две рабочие встречи в Кундузе — с начальником оперативного управления генштаба вооруженных сил Афганистана генерал-майором Бабаджаном и Абдуллой Амином, старшим братом Генсека НДПА. В это же время рядом с мостом «Дружба», через который впоследствии советские войска и выходили из Афганистана, понтонно-мостовые части начали возводить наплавной шестидесятитонный мост.