Вероятно, не без влияния преподобного Иосифа или единомысленных ему иерархов в предисловии к новой Пасхалии, изданной после 1492 года, засвидетельствовано признание Русской Церковью своего преемственного по отношению к Византии служения. Дерзновенно истолковывая слова Господа Иисуса Христа -"И будут перви последний и последний перви", – авторы предисловия провозглашают ту важнейшую основу русского религиозного сознания, которая позже выльется в чеканную формулу "Москва – третий Рим". "Первые", говорится в предисловии, это греки, имевшие первенство чести в хранении истин веры. Ныне же, когда Константинополь пал, наказанный за маловерие и вероотступничество, – греки стали "последними", и служение византийских императоров переходит к "государю и самодержцу всея Руси", а роль Византии – "к новому граду Константинову – Москве, и всей Русской земле…"
Деятельность преподобного Иосифа давала результаты. Иоанн III вызвал к себе святого и много беседовал с ним о церковных делах, признаваясь, что еретики и его старались привлечь на свою сторону.
"Прости меня, отче… Я знал про новгородских еретиков", – говорил великий князь.
"Мне ли тебя прощать?" – отвечал преподобный.
"Нет, отче, пожалуй, прости меня. Митрополит и владыки простили меня".
"Государь! -возразил Иосиф. – В этом прощении нет тебе пользы, если ты на словах просишь его, а делом не ревнуешь о православной вере. Вели разыскать еретиков!"
"Этому быть пригоже, – ответил Иоанн Васильевич. – Я непременно пошлю по всем городам обыскать еретиков и искоренить ересь". Однако боязнь погрешить излишней суровостью долго удерживала князя от решительных действий. "Как писано: нет ли греха еретиков казнить?" – тревожно допытывался он у преподобного, пригласив его к себе еще раз. И лишь соборное решение духовенства, проклявшего еретиков и постановившего предать казни наиболее злостных из них, успокоило великокняжескую совесть.
Преподобный Иосиф, вероятно, излагал Иоанну III также учение о том, что "царь… Божий слуга есть", и что это обязывает его к особому вниманию в защите святынь. В эти обязанности входит и стремление к "симфонии властей" – светской и церковной, основанной на их совместном религиозном служении и разделении конкретных обязанностей.
Таким образом, окончательный разгром ереси совпадает с вступлением русского народа в служение "народа-богоносца", преемственного хранителя святынь веры, и с утверждением взглядов на взаимозависимость и взаимную ответственность светских и духовных властей.