Приняв на себя груз ответственности за народ и державу, юный царь с ревностью приступил к делам государственного, общественного и церковного устроения. Послушаем Карамзина: "Мятежное господство бояр рушилось совершенно, уступив место единовластию царскому, чуждому тиранства и прихотей. Чтобы торжественным действием веры утвердить благословенную перемену в правлении и в своем сердце, государь на несколько дней уединился для поста и молитвы; созвал святителей, умиленно каялся в грехах и, разрешенный, успокоенный ими в совести, причастился Святых Тайн. Юное, пылкое сердце его хотело открыть себя перед лицом России: он велел, чтобы из всех городов прислали в Москву людей избранных, всякого чина или состояния, для важного дела государственного. Они собралися – и в день воскресный, после обедни, царь вышел из Кремля с духовенством, с крестами, с боярами, с дружиною воинскою, на лобное место, где народ стоял в глубоком молчании. Отслужили молебен. Иоанн обратился к митрополиту и сказал: "Святой владыко! Знаю усердие твое ко благу и любовь к отечеству: будь же мне поборником в моих благих намерениях. Рано Бог лишил меня отца и матери; а вельможи не радели обо мне: хотели быть самовластными; моим именем похитили саны и чести, богатели неправдою, теснили народ – и никто не претил им. В жалком детстве своем я казался глухим и немым: не внимал стенанию бедных, и не было обличения в устах моих! Вы, вы делали, что хотели, злые крамольники, судии неправедные! Какой ответ дадите нам ныне? Сколько слез, сколько крови от вас пролилося? Я чист от сея крови! А вы ждите суда небесного!"
Тут государь поклонился на все стороны и продолжал: "Люди Божии и нам Богом дарованные! Молю вашу веру к Нему и любовь ко мне: будьте великодушны! Нельзя исправить минувшего зла: могу только впредь спасать вас от подобных притеснений и грабительств. Забудьте, чего уже нет и не будет; оставьте ненависть, вражду; соединимся все любовию христианскою. Отныне я судия ваш и защитник".
В сей великий день, когда Россия в лице своих поверенных присутствовала на лобном месте, с благоговением внимая искреннему обету юного венценосца жить для ее счастья, Иоанн в восторге великодушия объявил искреннее прощение виновным боярам; хотел, чтобы митрополит и святители также их простили именем Судии небесного; хотел, чтобы все россияне братски обнялись между собою; чтобы все жалобы и тяжбы прекратились миром до назначенного им срока…".
Повелением царским был составлен и введен в действие новый судебник. С целью всероссийского прославления многочисленных местночтимых святых и упорядочения жизни Церкви Иоанн созвал подряд несколько церковных соборов, к которым самолично составил список вопросов, требовавших соборного решения. В делах царя ближайшее участие принимали его любимцы – иерей Сильвестр и Алексей Адашев, ставшие во главе "Избранной Рады" – узкого круга царских советников, определявших основы внутренней и внешней политики.