Как бы то ни было, к 18 сентября был подготовлен новый вариант плана, который учитывал возможность использования главных сил Красной Армии в зависимости от обстановки на Северо-Западном или Юго-Западном направлениях. Именно эти варианты развертывания советских войск именуются в историографии соответственно «северным» и «южным». Подобная особенность планирования была своеобразной традицией советского Генштаба, поскольку в 1921–1939 гг. Западный театр военных действий (ТВД) разделялся почти точно посредине бассейном реки Припять. С сентября 1939 г. эта река полностью протекала по территории СССР, но по привычке именно эта линия, экстраполированная далее на запад, делила ТВД на два основных направления. 5 октября 1940 г. этот вариант плана был доложен Сталину и Молотову. В ходе обсуждения Генштабу было поручено доработать план с учетом развертывания еще более сильной главной группировки на Юго-Западном направлении. В результате было предусмотрено увеличить численность войск Юго-Западного фронта на 31,25 % — по дивизиям, на 300 % — по танковым бригадам и на 59 % — по авиаполкам.
14 октября доработанный «южный» вариант плана был утвержден в качестве основного, но при этом было решено «иметь разработанным» и «северный» вариант. Разработку обоих вариантов на местах планировалось закончить к 1 мая 1941 г. Тем самым советские вооруженные силы получили действующий документ, на основе которого велось более детальное военное планирование. В Генеральный штаб вызывались командующие войсками, члены Военных советов и начальники штабов военных округов для разработки оперативных документов, которые сразу же утверждались наркомом обороны. Кроме этого документа, советскому руководству докладывались планы боевых действий против Финляндии, Румынии и Турции, что, по мнению их разработчиков, придавало всему оперативному плану необходимую полноту и гибкость, давало возможность действовать в зависимости от конкретной военно-политической обстановки. К сожалению, практически все эти документы остаются секретными, и вряд ли историки в скором времени смогут исследовать их.
Однако разработка военных планов на этом не завершилась. Военное руководство стремилось всесторонне оценить оба варианта действий Красной Армии, заложенных в оперативный план. Для отработки «северного» и «южного» вариантов 2–6 и 8–11 января 1941 г. в Генштабе проводились две оперативно-стратегические игры. В первой игре разыгрывались наступательные действия Красной Армии на Северо-Западном направлении (Восточная Пруссия), а во второй — на Юго-Западном (Южная Польша, Венгрия и Румыния). Оборонительные операции начального периода войны на играх вообще не проигрывались, для сохранения в тайне основного замысла плана в заданиях сторон просто отмечалось, что «синие» напали, но их отбросили к границе, а на Юго-Западном направлении даже к линии рек Вислы и Дунайца на территории Польши и с этих рубежей уже шла игра. На территории Восточной Пруссии наступление «красных» захлебнулось, а на Юго-Западе они добились значительных успехов, что и привело к отказу от «северного» варианта действий Красной Армии. Тем самым главным направлением советского наступления была определена Южная Польша.