Программой переучивания предусматривалось в течение полугода подготовить в каждой части к боевому дежурству днем в сложных метеоусловиях (СМУ) и ночью в простых (ПМУ) по одному летчику на каждый самолет. Для этого пилотам необходимо было выполнить минимум 80 полетов общей продолжительностью не менее 53 часов. Реализовать это оказалось непросто. и для сокращения сроков переучивания практиковались выезды а полки инструкторов из 148-го Центра. Так как в строевых частях ПВО двухместных Су-7У недоставало, иногда инструкторы прилетали туда прямо на своих «спарках».
Следует сказать, что в отличие от Су-7 и Су-9. период освоения Су-15 не сопровождался всплесками аварийности Однако первая машина была потеряна уже 16 августа 1967 г. В тот день к-н Н. И. Назаренко из 611 -го ИАП выполнял на самолете №03 01 очередной тренировочный полет. При заходе на посадку, после выполнения четвертого разворота, на высоте 270 м летчик заметил плавное падение оборотов обоих двигателей, Он перевел РУДы вперед. но обороты продолжали падать, а на табло загорелись лампы. сигнализирующие об отказе обоих генераторов и отсутствии топлива в основных группах баков. Летчик доложил руководителю полетов о ситуации и благополучно катапультировался из падающего с правым креном самолета. Перехватчик рухнул на землю в 7 км от ВПП. Комиссия, расследовавшая происшествие, сделала вывод, что авария самолета произошла по причине полной выработки топлива из-за неполной заправки, неверной выставки расходомера и отсутствия у летчика контроля за выработкой топлива по «топливомеру» В дальнейшем, на всем протяжении эксплуатации Су-15. статистика его аварийности имела традиционный «среднетиповой» характер. Доля летных происшествий, случившихся из-за конструктивно-производственных недостатков, не превышала 30%, а почти вся остальная часть печальной статистики была связана с влиянием пресловутого человеческого фактора.
Летом 1968 г. в авиации войск ПВО подвели итоги первого года перевооружения на новый самолет. К июню в восемь авиаполков поступили 130 машин. Полностью на Су-15 перешел только 62-й ИАП. отце в двух частях эти перехватчики получили по дне эскадрильи, а в остальных – только по одной. Но -пятнадцатых- летали 149 пилотов. из которых 63 были готовы к несению боевого дежурства днем в СМУ и только 2 – ночью в СМУ. Особое внимание уделялось отработке перехватов в переднюю полусферу. т. к. этот вид подготовки осваивался впервые и являлся для Су-15 основным. Практическое обучение пускам ракет началось с апреля 1967 г. Первыми стрельбы на полигоне под Красноводском провели летчики 611-го ИАП. которые выполнили 47 пусков: 11 – по парашютным мишеням и 36 – по радиоуправляемым, в т. ч. 19 – в ППС.