«Похоже, что все наши труды за последние два года похоронены, — писал тогда В. Д. Набоков брату Константину, — и надо все начинать сначала. Мы оглушены этим тяжелым ударом и еще не можем от него оправиться».
В конце июля черносотенцами был убит кадетский депутат Герценштейн. В августе Набоковы вдруг отправились в Голландию, а по дороге заехали в Брюссель, где находился в это время К.Д. Набоков. Елена Ивановна нервничала, так как причины их внезапного отъезда были ей неизвестны. По всей вероятности, их не узнал и В.В. Набоков. Объяснения событиям того лета Б. Бойд обнаружил недавно в письме К.Д. Набокова (от 23 августа 1906 года) к его знакомому Доналду Несбиту. К.Д. Набоков пишет, что Герценштейн был первым из шести депутатов, обреченных черносотенцами на смерть, следующим в списке шел В.Д. Набоков. «Его друзья, узнавшие об этом, убедили его покинуть Россию на некоторое время», — пишет К.Д. Набоков.
12 декабря 1907 года начался суд над депутатами, подписавшими «Выборгское воззвание». Адвокат В.Д. Набокова О.О. Грузенберг вспоминал, что Набоков держался с абсолютным «спокойствием и, хотя был непроницаем, не скрывал своего презрения к судьям».
В.Д. Набоков был приговорен к трем месяцам одиночного заключения и препровожден в петербургскую тюрьму «Кресты». Письма, которые он писал жене из тюремной камеры (он писал их на туалетной бумаге и передавал через своего друга Августа Исаковича Каменку), были спустя почти шестьдесят лет опубликованы его сыном в американском альманахе «Воздушные пути». Было бы жаль не привести хоть несколько отрывков из этих писем.
«17 мая 1908 г. …День у меня… распределен. 5 ч. — вставанье, туалет, чтение Библии; от 6 до 6½ — чай, от 6½ до 7-ми одевание, от 7-ми до 9½ — итальянский язык и первая прогулка, от 9½ до 12 — занятия уголовным правом, от 12 до 1 ч. — обед, и отдых от 1 ч. до 4 и вторая прогулка; от 4-х до половины 7-го — серьезное чтение, стоя, и гимнастика, от половины 7-го до 7 — ужин и отдых, от 7-ми до половины 9-го — чтение по-итальянски; в 8½ — 9½ легкое чтение, от половины 10-го до десяти укладываюсь спать… Могу только желать, чтобы все мои товарищи чувствовали себя так бодро, хорошо и весело, как я. Одна у меня забота: о тебе, не изводят ли тебя, не беспокоят ли напрасно…
21 мая 1908 г… Вчера вечером я был осчастливлен твоими тремя открытками, в одной из них — дорогие строки Lody. Спасибо ему, маленькому. Это — огромная радость.
…1 июня, 5 часов.
Радость моя, мое солнышко, я был несказанно счастлив видеть сегодня твое дорогое, родное личико и слышать твой обожаемый голосок. Я стараюсь не слишком это показывать, чтобы не растрогать тебя и себя, но теперь я мысленно обращаю к тебе все нежности, которые не мог сказать. Боюсь одного, что эти свидания тебя расстраивают, это меня мучит…