Оба они подвергались резкой критике. Вана Хельмонта инквизиция не раз вызывала на допрос, обвиняя в занятии оккультизмом. В первый раз его допрашивали о двух трактатах, которые он написал. Один был о «невольнике орудия» (наследие Парацельса — использование крови из раны от меча для лечения болезни симпатически). Второй трактат был о свойствах минеральной воды.
После первого ареста он раскаялся в своих ошибках и его освободили и разрешили продолжить работу. Прошло некоторое время, и он снова был арестован. В этот раз на все его бумаги и книги наложили арест. Ему было выдвинуто обвинение церковным судом в том, что он отступил от подлинной философии, поддерживает идолопоклонство, магию и дьявольское искусство. Его обвинили также в том, что он был последователем Парацельса, проповедуя его «химическую философию», т. е. ересь, распространяя таким образом «киммерийскую тьму» по всему миру. Затем его посадили под домашний арест на два года.
«Химическая философская ересь» — это формулировка церкви периода контрреформации. Уже был сожжен за это Сервет. С этих пор алхимия была объявлена ересью. «Киммерийская тьма» — образ кромешной тьмы в умах людей, связанный с киммерийцами, народом из «Одиссеи» Гомера, жившим на самом крайнем западе и, следовательно, никогда не видевшим солнца.
Позднее ван Хельмонт все же получил церковную санкцию на издание своих работ — Febrium Doctrina Inaudita и Opuscula Inaudita. Они были посвящены лихорадкам, камню и чуме.
Когда ван Хельмонт заболел плевритом и понял, что его смерть близка, он попросил сына собрать все его работы. Его сын Франсиск Меркурий ван Хельмонт, философ и медик, выполнил просьбу отца и издал его труды. По мнению историков медицины, эти работы оказались среди самых значительных. Они пользовались огромной популярностью, переводились на многие языки и многократно издавались.
Ван Хельмонт, как и Парацельс, был убежден, что болезнь напрямую связана с археем. Под археем ван Хельмонт понимал жизненную основу организма. Он считал селезенку вместилищем архея и предполагал, что она контролирует физиологические процессы в организме человека. Архей для него был тем же, чем для Парацельса, — жизненной силой, психическим аспектом живого организма. С археем ван Хельмонт связывал происхождение болезни, состоящей из бесчисленных семян или semina, духовных и невидимых по своей природе. Термин semina с его сложной психофизической идеей ван Хельмонт хотел ввести в медицину, противопоставив его традиционным терминам соков Галена.