Идеи Парацельса определили направление деятельности ван Хельмонта. Историки отмечают, что он напоминал Парацельса ярым неприятием медицины Галена, темпераментом, горячностью, целеустремленностью, ощущением важности своей миссии на путях формирования медицинских теорий.
Как и Парацельс, ван Хельмонт искал, как изменить существующий метел обучения медицине. У него, как и у Парацельса, было огромное желание освободить медицину от бесплодных, часто вредных и варварских методов. Ван Хельмонт видел, что в медицинской практике недостает точности почти во всем: и в отношении использования лекарств, и в понимании механизма их действия. Он знал практикующих врачей, одураченных вредными теориями и не заботящихся о настоящем излечении своих пациентов. Он делал замечания о том, что врачи больше заинтересованы в доходе, а сострадания и любви к пациентам у них мало. Он объяснял это нежеланием учиться, прикрываемом авторитетом «школ».
Он считал, что врачи-галенисты так и не заинтересовались причинами болезней и мало знают о них. Они лечат только результат, а не корень болезни. Упоминая о кровопускании как об очищении крови, он утверждал: «Повторение очищений является напрасным и губительным, и они губительны потому, что назначаются по результатам болезни, а не по причине и не могут затронуть корни. Тот трудится напрасно, кто сосредоточивает свои усилия на том, чтобы удалить случайные явления, не умиротворив реальную причину. Он напоминает того, кто, не прикрыв источника, предполагает путем вычерпывания воды осушить ручей».
Ван Хельмонт критиковал и другие грубые методы «школ» галенистов: «Помимо рассечения вен и лавки со слабительными «школы» редко признают другие средства, и все их усилия направлены на кровь, кал, ванны, прижигания, пот, и, таким образом, приходит мысль, что поклонники этих манипуляций создали многочисленные неизлечимые болезни и ввели лицемерный вид лечения, полный бедствий и отчаяния».
Ван Хельмонт полностью отверг теорию Галена о соках и принцип противоположностей в медицинской практике, т. к. понял, что одна ошибка влечет за собой другую. Он был убежден, что господство теории, основанной на принципе противоположности, мешало развитию науки и оказывало разрушительное действие на медицину. Он, однако, не полностью принял взгляд Парацельса на три первоосновы — соль, ртуть, серу. Он был убежден, что именно вода является самым важным элементом, первичной материей и проводил большое количество экспериментов, пытаясь доказать это. Он не принимал теорию микрокосмоса-макрокосмоса как ее понимал Парацельс, но признавал, как я Парацельс, божественное химическое происхождение природы.