Без малого год Фёдоров безвыездно находился в Москве. Вначале на нелегальном положении, хотя и как докторант с периферии. Но это было лишь легендой, прикрытием, позволявшим Алексею Витальевичу не быть ни в Воронеже, ни в том московском НИИ, к которому его прикрепили в качестве докторанта. Жил он без прописки в частных квартирах, поиск которых организовывал для него Шебуршин. Генерал требовал от Фёдорова немедленной смены такого жилья по его сигналу. За девятнадцать месяцев, прошедших с памятного дня их встречи на подмосковной даче в конце ноября 1982 года, сделано было немало, но далеко не достаточно, чтобы успокаиваться или считать, что катастрофа уже не может свершиться.
Отношения с генералом сложились своеобразные. Ещё во время ноябрьской встречи в восемьдесят втором тот потребовал, чтобы Фёдоров в общении с ним забыл о его генеральском звании и должности, обращался только по имени и отчеству. Генерал утверждал, что они соратники и что субординация мешает их совместной конспиративной работе. Сам же он обращался к Фёдорову на равных, всегда уважительно, по имени и отчеству. Прибегал к таким оборотам речи: "Что бы вы могли мне здесь посоветовать?" "Не считаете ли вы, что я должен. ?" " Ну, давайте, предлагайте, какое решение в этом вопросе нам следует принять!" И такой стиль действительно помог: Фёдоров чувствовал себя свободно, держался раскованно, что способствовало лучшей работе и его мыслительного аппарата, и памяти, и генерации идей. Порой было невозможно определить, кому из них двоих принадлежала та или иная идея, кто предложил то или другое решение.
При этом, однако, Фёдоров ни на секунду не забывал ни о той колоссальной ответственности, которую взял на себя, ни об огромном доверии, которое ему оказал начальник ПГУ КГБ СССР.
Времени было мало, а дел слишком много. К тому же, Шебуршин не мог, не имел ни возможности, ни права забросить свою официальную работу, которую требовала от него официальная должность. Тем более что внешняя разведка теперь приобрела одно из ключевых значений во всём сложном комплексе операций, необходимых для предотвращения государственной измены. Той измены высшего руководства СССР, что привела и к поражению страны в "холодной войне", и к последующей утрате суверенитета, и к личной трагедии Фёдорова. К тому же генерал не имел права на ошибку в выборе помощников. Так что он долгое время работал один. Нередко по восемнадцать часов в сутки. Поэтому неудивительно, что однажды Шебуршин пришёл на конспиративную встречу совершенно больным, с тёмными кругами под уставшими глазами. Фёдоров почувствовал острую жалость: ведь это он втянул человека во все эти тяжкие хлопоты, взвалил на его плечи груз такой ответственности. Вот из-за этого-то в один из важных моментов беседы, когда генерал бросил карандаш и с гримасой на лице стал растирать затылок, он не выдержал и сказал: