Сварной корпус выполнен из бронелистов увеличенной, по сравнению с БТР-80, толщины, что в сочетании с рациональными углами их наклона обеспечивает надежную защиту от крупнокалиберных пуль и осколков артиллерийских снарядов. Значительно усилена противоминная защита машины, выполненная с учетом опыта применения бронетехники в Афганистане. Днище бронетранспортера имеет V-образную форму, более стойкое к воздействию ударной волны, чем плоское.
В передней части корпуса слева расположено сиденье водителя, а справа - старшего стрелка. Командир машины вместе со стрелком-наводчиком располагаются во вращающейся башне. Опытный образец БТР-90 оснащен мощным вооружением: 30-мм автоматической пушкой 2А42 (боекомплект 500 патронов), 7,62-мм пулеметом ПКТ (2000 патронов), 30-мм гранатометом АГС-17 (смонтирован снаружи башни, боекомплект 400 выстрелов) и ПТРК «Конкурс» (4 ПТУР).
Боевое отделение стабилизировано в двух плоскостях. Это позволяет как с места, так и в движении в дневных и ночных условиях вести борьбу с различными целями, в том числе с танками (на дальностях свыше 4 км), БМП, вертолетами, инженерными сооружениями (на дальностях до 2500 м), живой силой противника (на дальностях 4000 м), расположенной открыто или на обратных скатах высот и в окопах, а также с малоразмерными целями - расчетами ПТРК и противотанковой артиллерией.
Высокая грузоподъемность (7 т) и значительный внутренний объем (12 м3 ) позволяют разместить на БТР-90 и более тяжелые комплексы вооружений, такие, как, например, боевое отделение БМП-3, противотанковую пушку, 120-мм артиллерийское орудие, зенитно-ракетные и противотанковые комплексы и т.д.
В корме машины расположен многотопливный дизель Челябинского завода мощностью 510 л.с. Коробка передач - автоматическая, гидромеханическая, реверсивная. С помощью гидрообъемной передачи обеспечивается разность скоростей вращения по бортам, что позволяет в дополнение к повороту с помощью четырех управляемых передних колес выполнять поворот «по-танковому». Подвеска - независимая, торсионная, с телескопическими гидроамортизаторами. Шины - широкопрофильные, с системой централизованного регулирования давления воздуха. Машина сохраняет подвижность даже при полном выходе из строя четырех из восьми колес.
Несмотря на относительно большой вес (около 21 т), «Росток» может без предварительной подготовки преодолевать водные преграды благодаря установке двух водометных движителей. Как показали испытания в морских условиях, при волнении до трех баллов бронетранспортер способен плавать, а также уверенно с воды входить на десантный корабль и выходить из него.