Общее руководство морскими частями на Севере осуществлял командующий Флотилией Северного Ледовитого океана (с октября 1919 г. — командующий Морскими силами и Главный командир портов Северной области). С 5 августа по 3 сентября 1918 г. эту должность занимал контр-адмирал Н.Э. Викорст, с 3 ноября 1918 г. по февраль 1920 г. — контр-адмирал Л.А. Иванов.
Самым крупным морским соединением, находившемся на Северном театре, была Флотилия Северного Ледовитого океана, сформированная в 1916 г. Большинство ее офицеров отрицательно относилось к большевикам и перешло на службу к белым. Штаб флотилии начал действовать с 5 августа 1918 г., т. е. непосредственно с момента антибольшевистского переворота. После захвата Архангельска интервентами часть кораблей перешла под юрисдикцию Великобритании и впоследствии некоторые из них возвратились в состав флотилии. Так, англичане захватили крейсер «Аскольд» (в 1922 г. его вернули советскому правительству, но вскоре корабль продали на слом в Германию), два ледокола, ряд тральщиков и другие корабли и суда. Вообще союзники не стремились к усилению белых морских сил и либо старались не отдавать им русские корабли, укомплектовывая их своими командами, либо отдавали их в состоянии, малопригодном для дальнейшей службы.
Корабли флотилии боевых действий не вели, эпизодически совершая межбазовые переходы в Баренцевом и Белом морях. Помимо кораблей в ведении командующего флотилией состояли следующие части (на сентябрь 1918 г.): охрана водного района Архангельского порта, Служба связи, отряд тральщиков, отряд катеров-истребителей и ряд других, С 1 февраля 1919 г. штаты флотилии подверглись значительному сокращению. На тот момент из морских учреждений на Севере существовали: штаб флотилии, Дирекция маяков и лоций Северного Ледовитого океана (объединенная со службой связи), гидрографическая экспедиция Белого моря и Северного Ледовитого океана, Печорская и Северодвинская речные флотилии, Архангельский и Мурманский порты и санитарная инспекция. Позже в состав морских сил также вошла Онежская озерная флотилия. Снабжение флотилий велось через Мурманский военный порт (командир — капитан 1-го ранга Д.О. Дараган). К началу 1920 г. в составе флотилии Северного Ледовитого океана находились линкор «Чесма», 4 эсминца, 1 подводная лодка, 4 тральщика, 6 посыльных и 7 гидрографических судов, 1 плавмастерская, 2 портовых судна, 1 ледорез, 4 портовых ледокола, 4 катера, а также прибывшие с Онежской флотилии 6 катеров-истребителей и 2 моторных катера. Активную деятельность по обеспечению безопасности мореплавания, проводке транспортных судов и исследовательским работам в западном секторе Арктики осуществляли Дирекция маяков и лоций и Гидрографическая экспедиция. С занятием войсками Красной армии Архангельска (21 февраля 1920 г.), а затем Мурманска (13 марта 1920 г.) оставшиеся корабли флотилии вошли в состав Морских сил Белого моря и Северного Ледовитого океана, позже — Беломорской военной флотилии Красного флота.