Батайск обороняли около 200 человек В их распоряжении помимо винтовок и ручных гранат находились 4–5 пулеметов и два трехдюймовых орудия. Утром 12 февраля показались цепи красных — части 39-й пехотной дивизии и казаки из отряда И.А. Сорокина. По воспоминаниям одного из участников боев, написанным уже в эмиграции, силы противника превосходили оборонявшихся в 15–20 раз.
Выдвинутая вперед цепь Морской роты под натиском значительно превосходящих сил противника стала отходить к станции, где погибли лейтенант Адамиди и мичман Петров. Два орудия вместе с обслуживающими их юнкерами были заранее отправлены к ростовскому железнодорожному мосту, т. к. полковник Ширяев изначально предполагал, что части, обороняющие Батайск, попадут в окружение. Два взвода под командой старшего лейтенанта Потолова, выдвинутые за пределы станции, оказались отрезанными от основных частей и стали пробивались в Ростов самостоятельно. Остальные войска, неся потери, концентрировались на станции. В ходе упорного боя оставшиеся 50 человек были заперты в здании вокзала. Два пулемета удалось установить два пулемета за сооруженными на перроне баррикадами из вагонеток. Противник вел интенсивный огонь, два раза здание вокзала обстреливал бронепоезд. Был ранен в глаз командир роты — капитан 2-го ранга В.Н. Потемкин.
С наступлением темноты огонь красных прекратился, и осажденные в здании вокзала решили прорываться под покровом ночи в станицу Ольгинскую. Разведчикам удалось бесшумно снять часовых, и остатки отряда, примерно полсотни человек и 8–9 раненых на носилках, пробираясь под вагонами стоявших товарных поездов, покинули станцию в направлении станицы Ольгинской. Легкая метель замела следы, и отряд ушел, не замеченный неприятелем К утру моряки добрались до армянского хутора, из которого в станицу послали верхового. Вскоре из Ольгинской приехали казаки с розвальнями, на которых и доставили всех в станицу. Раненых на следующий день перевезли в Ростов, а еще через день, ввиду оставления Ростова, их эвакуировали в Новочеркасск. После возвращения в Ростов Морская рота перестала существовать, т. к. оставшиеся ее чины вошли в состав 4-й роты Офицерского (впоследствии Марковского) полка.
По-разному сложились судьбы чинов Морской роты: капитан 2-го ранга Потемкин, спрятанный в Ростове на дому у одной гимназистки, впоследствии воевал на Юге России, после войны уехал за границу и жил в эмиграции; два брата лейтенанты Ильвовы и лейтенант Басов ушли в 1-й Кубанский поход вместе с Добровольческой армией, старшие лейтенанты Потолов и Елачич уехали в Закавказье. Часть офицеров служила в Каспийской флотилии, затем их интернировали англичане в Месопотамии. В 1921 г. на пароходе «Франц Фердинанд» они перешли во Владивосток, где влилась в состав Сибирской флотилии. Многие погибли, но точно установить состав роты и судьбу большинства ее чинов не представляется возможным.