В состав Главной базы флотилии входили части: строевая, хозяйственная, артиллерийская, минная, механическая, кораблестроительная, юридическая, санитарная, а также комендантская роты, нестроевая команда и обоз. Опорная база имела менее развернутую структуру. Она состояла из начальника базы, начальника хозяйственной части, казначея, начальника отдела транспортирования войск и учета грузов, начальника артиллерийскою отделения, комендантской, нестроевой команд и обоза. В задачу Главной и Опорных баз входило прежде всего обеспечение кораблей материальными припасами, их техническое обслуживание и ремонт; предполагалась также постройка новых катеров.
Служба связи должна была состоять из трех районов. Внутри районов задачи связи выполняли посты. Сообщение между постами и районами предполагалось осуществлять с помощью пароходов, автомобилей, мотоциклов и велосипедов. В задачи Службы связи входило обеспечение связи между отдельными частями флотилии, а также между флотилией и берегом.
При флотилии существовала медицинская служба. Она состояла из Берегового и Малого лазаретов и аптечного склада при Главной базе в Перми, плавучих лазаретов «Вера» и «Александр». Кроме того, медперсонал находился на трех кораблях дивизионов флотилии: штабном теплоходе «Волга», пароходах «Митя» и «Кострома».
Основной силой флотилии являлись три дивизиона кораблей. В каждый из дивизионов должно было входить б вооруженных пароходов, 3 бронированных катера, 3 легких катера. При каждом дивизионе находились вспомогательные суда: база дивизиона, плавучая мастерская, плавучий госпиталь. Помимо вышеуказанных дивизионов в состав флотилии входили следующие части: 12 плавучих батарей (каждая из которых состояла из одной вооруженной баржи и одного вооруженного буксира), три дивизиона тральщиков-заградителей (в каждом по три тральщика), три воздушных наблюдательных поста (в каждом одна баржа с аэростатом и один вооруженный буксир), гидроавиационный отряд (четыре гидросамолета, четыре сухопутных самолета, одна гидроавиабаржа, два легких катера). К началу кампании (май 1919 г.) в составе флотилии числилось: 15 вооруженных пароходов, 2 плавбатареи, 3 плавбазы и плавмастерских в составе 1-го и 3-го дивизионов боевых кораблей; 3 парохода и катер в составе Службы связи; 2 посыльных судна, 2 госпитальных судна, 3 военных буксира, 1 гидроавиабаржа с приданными ей 2 катерами и 2 военными буксирами, 1 штабной теплоход, 6 специально оборудованных понтонов и 1 военный буксир в составе 1-го дивизиона тральщиков.
Был сформирован также гидроотряд в составе четырех глиссеров. На глиссерах стояли авиационные моторы, корпуса же их строились силами флотилии. Помимо перечисленных кораблей и судов в состав флотилии постоянно привлекались различные суда частных владельцев. К 1 июня 1919 г. личный состав флотилии насчитывал 358 офицеров и чиновников и до 3 тысяч матросов.